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大肠杆菌与酵母基因组中密码对使用的比较
  • ISSN号:1000-1638
  • 期刊名称:《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金(10147204)和内蒙古自然科学基金项目资助
中文摘要:

研究了大肠杆菌和酿酒酵母两类生物全基因组的密码对,通过密码对的观察值与期望值的比较,发现密码对的使用有很强的偏好性;此外,按照Boycheva定义的标准(△REG)研究了密码对的使用与基因表达水平的关系,发现酵母与大肠杆菌两类生物的密码对使用与基因表达水平的关系是相似的;高表达基因偏好△REG为正值的密码对,而低表达基因偏好△REG为负值的密码对.通过曲线的相似性分析,可以推测,真核生物(Saccharomyces cerevisiae)与原核生物(Escherichia coli)在密码对的使用上,其机理是相似的.

英文摘要:

Codon pair usage in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae genomes are studied. According to the comparison of codon pair usage frequencies between the real and statistically predicted frequencies of occurrence,a significant difference between them is observed; besides, according to an especially defined criterion (△REG) by Boycheva,the relations between codon pair usage and gene expression level are studied. The results show that the relations are similar for two species,the highly expressed genes tend to favor codon pairs with positive △REG values,whereas the codon pairs with negative △REG values are typical for the poorly expressed genes. From the similarity of the curves,it can be inferred that the mechanisms with respect to the codon pair usage are similar to E. coli (prokayote) and S. cerevisiae (eukaryote).

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期刊信息
  • 《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:内蒙古自治区教育厅
  • 主办单位:内蒙古大学
  • 主编:李光鹏
  • 地址:呼和浩特市赛罕区大学西路235号
  • 邮编:010021
  • 邮箱:
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1638
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1052/N
  • 邮发代号:16-67
  • 获奖情况:
  • 综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6683