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藏族外周血淋巴细胞表达序列标签分析
  • ISSN号:1002-266X
  • 期刊名称:《山东医药》
  • 时间:0
  • 分类:Q987[生物学—遗传学;生物学—人类学]
  • 作者机构:[1]复旦大学附属上海市第五人民医院,上海200240, [2]中国科学院北京基因组研究所, [3]青海大学高原医学研究中心
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30260034)
中文摘要:

目的对藏族外周血淋巴细胞cDNA文库进行随机大规模表达序列标签(ESTs)测序并进行生物信息学分析,通过序列比对找到与低氧适应相关基因有关的单核苷酸多态性(SNPs)位点。方法将部分文库经大肠杆菌BM 25.8质粒化,用5′端测序引物进行测序,利用BLAST程序对获得的ESTs从核苷酸和氨基酸水平进行同源性搜索和比对。结果经序列比对发现突变位点较多发生在UTR区域,同时一些基因的编码区域也发生蛋白序列的变化。对这些基因注释后发现,有些突变发生在与能量代谢、线粒体相关的基因及一氧化氮合酶上,如GTPase、NDUFA6、ATP5L、NOSIP。结论 ESTs技术是一个快速、有效寻找新基因的方法 ,是系统研究不同人群基因表达模式的有力工具。

英文摘要:

Objective Sequencing large-scale expressed sequence tags randomly in the cDNA library from peripheral blood lymphocyte of tibetan and taking an analysis of bioinformatics,to find related SNPs sites of adaptation to hypoxia genes according to sequence contrast.Methods The partial library from E.coli BM 25.8 plasmids was sequenced using 5′ sequencing primer,and was made homology analysis and sequence contrast with the expressed sequence tags by BLAST procedure.Results It was found by sequence contrast that some mutation sites occurred mainly on UTR region,and a lot of protein sequences changed according to changes of genes coding region.After making clear these genes,we found that some mutations occurred on these genes were relative to energy metabolize,mitochondrion and nitrous oxidease,such as GTPase,NDUFA6,ATP5L,NOSIP.Conclusion Expressed sequence tags technique was a quick and efficient approach to find new genes and powerful tool to study gene expression model of different population.

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期刊信息
  • 《山东医药》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:山东省卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:山东卫生报刊社
  • 主编:邱源
  • 地址:济南市燕东新路6号山东卫生报刊社
  • 邮编:250014
  • 邮箱:sdyy88516158@163.com
  • 电话:0531-88957404
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-266X
  • 国内统一刊号:ISSN:37-1156/R
  • 邮发代号:24-8
  • 获奖情况:
  • 2009年第四届华东地区优秀期刊、2000年山东省自然...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:98858