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BWA Plus:一个基于频繁序列的下一代基因比对工具
  • ISSN号：1000-1239
  • 期刊名称：计算机研究与发展
  • 时间：2011
  • 页码：391-394
  • 分类：TP3[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构：[1]复旦大学计算机科学技术学院
  • 相关基金：国家自然科学基金项目(61003001);高等学校博士学科点专项科研基金项目(20100071120032)
  • 相关项目：面向Web社会网络的查询处理关键技术研究
作者： 陈垚亮|洪骥|崔万云|肖仰华|
关键词： BWA, PLUS, 基因序列比对, 数据挖掘, 生物信息学, BWA Plus, DNA sequence alignment, data mining, bioinformatics
中文摘要：

如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.

英文摘要：

如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.

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期刊信息
  • 《计算机研究与发展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院计算技术研究所
  • 主编：徐志伟
  • 地址：北京市科学院南路6号中科院计算所
  • 邮编：100190
  • 邮箱：crad@ict.ac.cn
  • 电话：010-62620696 62600350
  • 国际标准刊号：ISSN：1000-1239
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1777/TP
  • 邮发代号:2-654
  • 获奖情况:
  • 2001-2007百种中国杰出学术期刊，2008中国精品科...,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:40349