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牡丹反转录转座子RT基因的分离与序列分析
  • ISSN号:1000-7091
  • 期刊名称:华北农学报
  • 时间:2012.12.12
  • 页码:30-33
  • 分类:S685.11[农业科学—观赏园艺;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]河南科技大学农学院,河南洛阳471003, [2]河南科技大学林学院,河南洛阳471003, [3]中国洛阳国家牡丹基因库,河南洛阳471006
  • 相关基金:河南省高校科技创新人才支持计划项目(2010HASTTT002); 国家自然科学基金(31070620); 河南省高等学校青年骨干教师项目(2010GGJS-072); 河南科技大学大学生研究训练计划(2011270)
  • 相关项目:牡丹种质资源反转录转座子的分子标记及评价研究
中文摘要:

以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。

英文摘要:

With degenerate primer,the Ty1-copia-like retrotransposon sequence fragments were amplified from peony(Paeonia suffruticosa Andrews.)genomic DNA and sequemced,getting a 240-bp PCR fragment which contains two open reading frames and encodes 63 amino acids.The results of BLAST in GenBank showed that the RT gene sequence of peony had more than 70% similarity with those of Lycium chinense and Beta vulgaris,etc.A phylogenetic analysis by MEGA and DNAstar software showed that the sequence had higher homology and closer paternity with those of deciduous woody trees such as Prunus mume,Populus ciliate,Camellia sinensis and Malus x domestica than those of herbaceous plants such as L.barbarum,Cicer arietinum,Lycopersicon esculentum and Fragaria viridis.

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期刊信息
  • 《华北农学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河北省农林科学院
  • 主办单位:山西省农业科学院 山西省农学会 河南省农业科学院 河南省农学会 天津市农业科学院 天津市农学会等
  • 主编:王海波
  • 地址:石家庄市和平西路598号
  • 邮编:050051
  • 邮箱:hbnxb@163.com
  • 电话:0311-87652166
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7091
  • 国内统一刊号:ISSN:13-1101/S
  • 邮发代号:18-10
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,全国综合性农业核心期刊,中国科学引文数据库核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:32962