后基因组时代的到来使临床蛋白质组学成为各种疾病的研究热点。然而,由于研究过程中一些共识性规范的缺乏,研究设计缺乏合理性和科学性,尤其是在研究分组设计、样本量、样本处理、数据质量控制、统计学评价以及独立的结果验证等环节,导致研究结果难以充分解释或重复性较差。本文针对目前临床蛋白质组学研究存在的问题结合文献进行综述。