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miRNA-122a靶基因预测及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-8179
  • 期刊名称:中国肿瘤临床
  • 时间:0
  • 页码:931-934
  • 分类:R318.04[医药卫生—生物医学工程;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]:第三军医大学大坪医院野战外科研究所肿瘤中心,重庆市400042
  • 相关基金:本文课题受国家自然科学基金面上项目(编号:30973457)和国家自然科学基金青年科学基金项目(编号:30901764)资助
  • 相关项目:MicroRNA-122a在肝癌放疗获得性抵抗中的作用及分子机制
作者: 蒋永容|陈川|
中文摘要:

目的:利用基因芯片技术分析肝癌HepG2细胞和正常肝上皮L02细胞中miRNA的表达,并对HepG2细胞中低表达的miRNA-122a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为以miRNA-122a为靶点的基因治疗提供理论和实验基础。方法:利用基因芯片技术检测HepG2细胞和L02细胞中miRNA-122a表达水平,通过生物信息学预测miRNA-122a的靶基因,并对其靶基因进行功能富集分析(GO—analysis)、信号转导通路富集分析(Pathway—analysis)和蛋白质相互作用网络分析。结果:与L02细胞比较,miRNA-122a在HepG2细胞中呈低表达。miRNA-122a预测靶基因有1104个,其靶基因集合功能分别富集于碳水化合物生物合成、核苷酸代谢、细胞因子受体结合、细胞周期等生物学过程(P〈0.001);信号转导通路显著富集于JAK—STAT信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、细胞周期等信号转导通路(P〈0.001)。结论:miRNA-122a在HepG2细胞中呈现低表达,miRNA-122a预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。

英文摘要:

Objective: The present study aimed to investigate miRNA expression patterns in hepatocellular carcinoma t nep~Jz and normol liver epithelial (LO2) cell lines. Another aim was to bioinformatically analyze as well as predict the target genes of miR-122a to provide both theoretical and experimental basis for gene therapy. Methods: The expression levels of miRNA-122a in HepG2 and LO2 cells were detected using the gene chip technology. The bioinformatic analysis of the target genes of miRNA-122a involved enrichment ( gene ontology ), signal transduction pathway enrichment, and protein interaction network analyses. Results: miRNA-122a expression significantly decreased in HepG2 cells, compared with LO2 cells. The number of miRNA-122a target genes was 1104. The functions of these target genes were enriched in carbohydrate biosynthesis, nucleotide metabolism, cytokine receptor binding, cell cycle, and other biological processes ( P 〈 0.001 ). The JAK-STAT signaling, Writ signaling, MAPK signaling, ErbB signaling, and cell cycle signal transduction pathways were significantly enriched ( P 〈 0.001 ). Conclusion: miRNA-122a expression significant- ly decreased in HepG2 cells. Some of the predicted target genes of miRNA-122a were significantly enriched in tumor related with sig- naling pathways.

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期刊信息
  • 《中国肿瘤临床》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国抗癌协会
  • 主编:郝希山
  • 地址:天津市河西区体院北环湖西路天津肿瘤医院C楼3层
  • 邮编:300060
  • 邮箱:cjco@cjco.cn
  • 电话:022-23527053
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-8179
  • 国内统一刊号:ISSN:12-1099/R
  • 邮发代号:6-18
  • 获奖情况:
  • 1997、1999、2001三次获中国科协优秀期刊奖励基金,2001年获天津市科技期刊一等奖,1996年获中国科协优秀期刊三等奖,2011年天津市优秀期刊提名奖,2011年中国精品科技期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:37940