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日本沼虾基因片段PCR扩增的条件优化
  • ISSN号:1000-5641
  • 期刊名称:《华东师范大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q503[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]华东师范大学生命科学学院,上海200062, [2]浙江省淡水水产研究所,浙江313001
  • 相关基金:国家自然科学基金重点项目(19971027,10271048);浙江省重点科研项目基金(011102097);上海市优秀学科带头人计划(05ZD14005).
中文摘要:

以日本沼虾肌肉组织为材料,提取其基因组DNA,研究了该虾16S rRNA基因片段扩增的PCR反应条件.经对扩增反应体系中各因子和扩增程序的梯度实验。确定优化反应条件为:在25μL反应体系中,10×Buffer 2.5μL,DNA模板200-300ng,4×dNTP 0.2mmol/L,Mg^2+ 1.5mmol/L,引物0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶1U,95℃预变性5min;接着35个循环包括95℃变性1min,56℃复性50s,72℃延伸1min;最后72℃延伸10min.应用此优化体系扩增日本沼虾18S rRNA,细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunit Ⅰ,COD,NADH脱氢酶亚基Ⅴ(NADH dehydrogenase subunit 5,ND5)等基因片段均获得了稳定而理想的效果.研究结果为深入探讨日本沼虾种群的遗传和变异,以及开展其种质鉴定和分子标记等研究提供了参考.

英文摘要:

Genomic DNA was isolated from the musculature of Macrobrachiurn nipponensis to establish a reproducible and stable PCR technical system. The ingredients and programs of amplified reactions were optimized respectively. The results showed that the profiles of PCR products could be improved obviously by using the 25μL solution of 10×Buffer 2.5μL, Mg^+2 1.5 mmol/L, 4×dNTP 0. 2 mmol/L, 1 U Taq DNA polymerase, 0. 4μmol/L of each primer and 200-300 ng of DNA template as well as the programs of 5 min at 95 ℃, 35 cycles of 1 rain at 95 ℃, 50 s at 56℃, 1 min at 72℃ and finally, 10 rain at 72℃. The optimized conditions could result in satisfactory specificity and reproducibility in amplifying 18S rRNA,COL ND5 gene fragments, and consequently provide a useful means for the research of genetic diversity, molecular marker and germplasm identification in Macrobrachiurn nipponensis.

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期刊信息
  • 《华东师范大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:华东师范大学
  • 主编:郑伟安
  • 地址:上海中山北路3663号
  • 邮编:200062
  • 邮箱:xblk@xb.ecnu.edu.cn
  • 电话:021-62233703
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5641
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1298/N
  • 邮发代号:4-359
  • 获奖情况:
  • 中国综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6600