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牛多个组织microRNA Solexa测序与生物信息学分析
  • ISSN号:1671-7236
  • 期刊名称:《中国畜牧兽医》
  • 时间:0
  • 分类:S858.23[农业科学—临床兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]河北农业大学动物科技学院,保定071000, [2]中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193, [3]河北农业大学生命科学学院,保定071000, [4]内蒙古民族大学动物科学技术学院,通辽028000
  • 相关基金:牛MSCs成肌/成脂分化中差异miRNAs的分离及调控机制(31201782)
中文摘要:

本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析。随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证。共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs。通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性。本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息。

英文摘要:

In order to provide more information for further studies of miRNA's biological func- tion,the identification of microRNA of bovine was studied. A Solexa sequencing of multiple tis- sues from a Simmental bull and a Holstein cow was conducted, and then bioinformatics analysis was performed. Meanwhile,we randomly selected and validated 3 miRNAs (bta-miR-2346-5p,no- vel_miR-48, novel_miR-86) by stem-loop RT-PCR. From this data set, we identified 604 miRNAs, including 429 known miRNAs and 175 novel miRNAs. And the stem-loop RT-PCR result showed that the 3 miRNAs were ubiquitously expressed in longissimus dorsi muscle, cardiac muscle, liver, spleen,lung,kidney,large intestine and small intestine. The study enriched the amount and kinds of bovine miRNAs which provided more credible information for the miRNAs biological functions study in various species.

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期刊信息
  • 《中国畜牧兽医》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 主编:李琍
  • 地址:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:zgxmsy@caas.cn
  • 电话:010-62816020 62811226 62810371
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-7236
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4843/S
  • 邮发代号:2-215
  • 获奖情况:
  • 1996年被农业部评为“95中国出版成就展”参展期刊...,1998年在首届全国畜牧兽医优秀科技期刊评比中总分...,2002年被中国期刊协会农业期刊分会和中国农学会评...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:22619