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基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法
  • ISSN号:1671-8836
  • 期刊名称:《武汉大学学报:理学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]国防科技大学计算机学院,湖南长沙410073
  • 相关基金:国家自然科学基金(61170287)资助项目
中文摘要:

针对当前检测基因-基因交互作用方法中存在的一些缺陷,提出一种基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法(DEIBSC).以SNP(single nucleotide polymorphism)为研究对象,从大量SNP中选出具有显著基因-基因交互作用的SNP组.初始化多个SNP组作为初值,同时产生多条搜索路径,利用得分单调递增原则寻找问题的解,通过冲突规避策略和群智能动态调整搜索路径的方向,使得到的解更能反映基因-基因交互作用在基因组范围内分布的情况.在仿真数据和真实数据上的实验证实,本文方法在统计能力上可以和SNPHarvester方法相比,在效率上有明显优势,得到的结果能够更广泛地代表基因-基因交互作用在基因组的分布.

英文摘要:

In order to overcome the deficiencies of present methods for detecting gene-gene interactions,we propose a new method(DEIBSC) based on swarm intellegence and collision avoidance strategy.Focusing on SNPs,our method selects those SNP groups having significant gene-gene interactions from a mass of SNPs.It initializes a certain amount of SNP groups,and then generates multiple search paths.Using score monotone increasing principle and adjusting search paths dynamically,our method makes the solutions reflect the distribution of gene-gene interactions in genome.Experimentations on real data and simulated data testify that our method is comparable to SNPHarvester in statistic power and that it has significant advantage in efficiency,from which the solutions are able to reflect the distribution of gene-gene interactions in genome.

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期刊信息
  • 《武汉大学学报:理学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国2教育部
  • 主办单位:武汉大学
  • 主编:刘经南
  • 地址:湖北武昌珞珈山
  • 邮编:430072
  • 邮箱:whdz@whu.edu.cn
  • 电话:027-68756952
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-8836
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1674/N
  • 邮发代号:38-8
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6988