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全基因组关联性研究的基因型填补
  • ISSN号:1002-3674
  • 期刊名称:中国卫生统计
  • 时间:2011.12.12
  • 页码:610-612
  • 分类:R373.1[医药卫生—病原生物学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系,210029
  • 相关基金:国家自然科学基金(30901232 81072389); 江苏省高校自然科学基金重大项目(10KJA33034); 江苏省高校优势学科建设工程资助项目
  • 相关项目:全基因组关联研究中的降维策略和统计分析方法研究
中文摘要:

目的以肺癌全基因组关联性研究为例,介绍基因型填补的基本原理和过程。方法利用MACH软件,基于1000Genome模板,以一号染色体体为例,对Affymatrix公司6.0芯片上的位点进行基因型填补。结果填补后,一号染色体上共有531497个位点。结论基因型填补可以恢复全基因组关联性研究中未基因分型或缺失的位点的信息。

英文摘要:

Objective To introduce the theory and procedure of genotype imputation using an example from a genome-wide association study on lung cancer.Methods Based on the phased haplotypes from 1000 Genome project,MACH software was used to impute the 1st chromosome from the Affymatrix 6.0 Chip.Results After imputation,there were 531497 markers in the 1st chromosome.Conclusion Genotype Imputation could recover the information of un-genotyped markers in genome-wide association studies.

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期刊信息
  • 《中国卫生统计》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:中国卫生信息学会 中国医科大学
  • 主编:孟群
  • 地址:沈阳市沈北新区蒲河路77号
  • 邮编:110122
  • 邮箱:zgwstj@126.com
  • 电话:024-31939626
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-3674
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1153/R
  • 邮发代号:8-39
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:20780