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家蚕核型多角体病毒lef-11基因RNA干扰策略的优化
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:《微生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q522[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆400716, [2]西南大学农业部家蚕功能基因组和生物学重点实验室,重庆400716
  • 相关基金:国家自然科学基金(31472152);国家蚕桑产业技术体系(CARS-22)
中文摘要:

【目的】家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)lef-11基因作为杆状病毒高度保守的晚期表达因子之一,对病毒晚期基因的表达极其重要。因此对lef-11基因进行有效RNA干扰将提高宿主细胞对BmNPV的抗性。【方法】本文基于经典的sh-RNA-loop骨架及家蚕内源性的miRNA骨架,构建以BmNPV lef-11基因为靶标的干扰载体pIZ-shRNA1、pIZ-shRNA2和pIZ-Ds RedamiR279;分别构建基于A4、IE1、IE1-295、IE2、IE2-339、hr3A4和hsp70启动子驱动的干扰载体,用以评价不同启动子驱动的干扰载体的抗病毒效果,并对干扰载体进行优化。【结果】首先,本文通过比较miRNA-based和shRNA-based RNAi载体对同一靶基因同一位点的干扰效率,发现pIZ-Ds Red-amiR279对BmNPV lef11基因的干扰效率超过90%,远优于shRNA-based RNAi载体的干扰效果;其次,通过对干扰载体进行优化,发现IE1启动子的效果最优,由其驱动的pIZ-Ds Red-milef11干扰载体也是本研究中的最优干扰载体,对病毒的增殖抑制效果最为明显。【结论】对目的基因的干扰效果并非启动子的活性越高、miRNA积累得越多就越好,只有综合考虑干扰片段的选择、启动子的活性以及靶基因自身的功能等多方面的因素,才能提高干扰效率,达到干扰目的。

英文摘要:

[Objective] Gene lef-11 is one of the high conservative late expression factors in Bombyx mori nucleopolyhedrovirus (BmNPV), and contributes to virus replication and proliferation. The effective RNA interference will increase the resistance of host cells to BmNPV. [Methods] Choosing two classical skeleton sh-RNA- loop and miRNA skeleton based on silkworm endogenous, we constructed targeted-lef-11 interference vectors: pIZ- shRNA1, pIZ-shRNA2 and pIZ-DsRed-amiR279 and optimized these vectors via different promoters. [Results] First, comparing the interference efficiency of shRNA-based and miRNA-based RNAi vectors on the same site, we found the interference efficiency of pIZ-DsRed-amiR279 on target gene was more than 90%, better than that of RNAi shRNA-based and could be applied for follow-up experiments. Second, we evaluated the antiviral effect of different interference vectors driven by A4, IE1, IE1-295, IE2, IE2-339, hr3A4 and hsp70 promoters and found that the most active promoter had less interference effect on the target gene and IE1 was the optimal screening seven promoters, which demonstrated that the accumulation of pre-miRNA was not contribute to interference. [Conclusion] The results showed that the interference effect on the target gene depended on kinds of factors, such as the interference skeleton, the activity of promoter and the function of target gene.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807516
  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879