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模拟干旱对甘薯近缘野生种[Ipomoea trifida(Kunth) G. Don]生理特性和基因表达谱的影响
  • ISSN号:2095-1108
  • 期刊名称:《植物生理学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]江苏徐淮地区徐州农业科学研究所/农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室,江苏徐州221131, [2]江苏师范大学生命科学学院,江苏徐州221116
  • 相关基金:国家自然科学基金(31461143017和31371681); 国家甘薯产业技术体系资源评价岗(CARS 2017-11-B-02); 江苏省自然科学基金(BK20141144); 国家农作物种质资源平台徐州甘薯子平台(NICGR-062)
中文摘要:

本文研究分析30%浓度的PEG-6000模拟干旱胁迫对甘薯二倍体近缘野生种(Ipomoea trifida)幼苗生理指标的影响,并在此基础上利用高通量测序技术,进行转录组测序和基因表达谱分析。结果表明:随着干旱胁迫时间的延长,叶片超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物酶(POD)活性增强、丙二醛(MDA)含量增加。其中,SOD、POD活性和MDA含量在胁迫6 h变化显著;转录组测序共得到40 385 764条净数据和7 600 078 117 bp数据量,de novo组装产生了65 174条转录本,N50为1 638 bp。通过干旱处理(干旱胁迫6 h)和对照组(对照0和6 h)之间基因差异表达分析,共有1 763个基因差异表达,其中557个基因上调表达,1 206个基因下调表达,下调表达基因的数量明显高于上调基因。

英文摘要:

In this study, PEG-6000 at 30% concentration was used to simulate the effects of drought stress on physiological and biochemical indexes of diploid Ipomoea trifida seedlings. High-throughput sequencing tech- nique was used for the analysis of the transcriptom and gene differential expression profiles. The results showed that SOD, POD activities and MDA content increased with the stress treatment time prolonged, during which the significant variation time point was at 6 h. The transcriptome sequencing showed that a total of 40 385 764 reads and 7 600 078 117 bp clean data was obtained. The de novo assembly produced 65 174 1. trifida tran- scripts, with an N50 of 1 638 bp. A total of 1 763 genes were significantly different expressed, in which 557 genes were up-regulated, 1 206 genes down-regulated by analysis between treatment group (Treatment 6 h) and control group (CK 0 h and CK 6 h). The down-regulated genes were significantly higher than the up-regulated genes.

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期刊信息
  • 《植物生理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国植物生理与植物分子生物学会和中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所
  • 主编:何祖华
  • 地址:上海市岳阳路319号31B楼
  • 邮编:200031
  • 邮箱:zstx@sibs.ac.cn ppj@sibs.ac.cn
  • 电话:021-54922836
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-1108
  • 国内统一刊号:ISSN:31-2055/Q
  • 邮发代号:4-267
  • 获奖情况:
  • 1996年获上海市优秀科技期刊三等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:3343