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基于语义数据的药物网络模型构建与分析
  • ISSN号:1000-3428
  • 期刊名称:《计算机工程》
  • 时间:0
  • 分类:TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]天津大学计算机科学与技术学院,天津300072, [2]天津大学天津市认知计算与应用重点实验室,天津300072
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(61173155,61373035);国家“863”计划基金资助项目(2007AA01Z130,2013AA013204)。
中文摘要:

针对传统生物数据分析方法无法高效处理规模不断增大的生物语义数据集的现状,将基于属性共现的节点相似度算法应用于ChEMBL数据集,构建基于药物天然产物-活性的二部图模型,应用Graphlab框架计算基于活性特征的药物天然产物相似度,并对相似度较高的药物天然产物进行活性推荐。实验结果表明,该方法能有效利用生物数据集的语义信息发现药物天然产物潜在的活性特征,从而指导药物研发早期的活性探测以及药物靶标的发现和选择过程。

英文摘要:

For the reason that the traditional biological analysis method is unable to handle the semantic information effectively,this paper applies the node similarity algorithm based on attribute co-occurrence to ChEMBL database and constructs the bipartite graph based on nautral product and activity.Then,with the framework of Graphlab,it calculates the natural product similarity based on activity and recommends the natural products with high similarity.Experimental results show that the method can effectively use the semantic information of biological datasets to find out the potential activities of natural products,thus guiding the activity detection and drug target discovery and selection in the early stage of drug research.

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期刊信息
  • 《计算机工程》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华东计算技术研究所 上海市计算机学会
  • 主编:游小明
  • 地址:上海市桂林路418号
  • 邮编:200233
  • 邮箱:ecice06@ecict.com.cn
  • 电话:021-64846769
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3428
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1289/TP
  • 邮发代号:4-310
  • 获奖情况:
  • 1999~2000、2001~2002年度信息产业部优秀期刊奖,2003-2004、2005-2006年度信息产业部电子精品科技...,2007-2008、2009-2010年度工业和信息产业部电子精...,012年度中国科技论文在线优秀期刊一等奖,2013年度中国科技论文在线优秀期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:84139