针对"卓越工程师计划"培养模式在硕士研究生层次存在的问题如:师资队伍工程背景不足、教学体系落后且形式化、学生缺乏实践及国际竞争能力、缺乏校企联合培养模式积极性、课程体系繁琐冗杂等,提出了灵活教育体系、改善校企培养模式、加大教育资金投入、对教材进行完善以及提高师资力量等解决方案。