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古侧柏种子活力与树龄的关系研究
  • ISSN号:1000-4025
  • 期刊名称:《西北植物学报》
  • 时间:0
  • 分类:S718.5[农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]中国林业科学研究院林业研究所,国家林业局林木培育重点实验室,北京100091, [2]南京林业大学,江苏南京210037
  • 相关基金:国家自然科学基金(31270707;31100490)
中文摘要:

[目的]为了更好的了解泡泡刺黄酮类生物合成途径及其潜在的抗逆作用,[方法]应用高通量RNA-seq测序技术对泡泡刺当年生新叶进行了转录组测序及相关生物信息学分析。[结果]表明:泡泡刺当年生叶中获得了13 013 444 total reads,总核苷酸数为1 171 209 960 bp(1.09 Gb),组装拼接后得到48 921条unigene序列;Nr、SwissProt、COG、GO、KEGG等数据库分析显示,有30 407个Nr注释,19 671个Swissprot注释,9 273个COG功能注释,46 153个GO功能注释,13 654个KEGG注释,并从KEGG通路中找到参与黄酮类化合物合成途径的关键基因片段186个。[结论]本研究获得了较好的泡泡刺转录组序列信息,并且其中富含黄酮类化合物代谢途径的相关基因,这为其抗逆机制、药用价值的研究及开发利用提供宝贵资源。

英文摘要:

[Objective]To understand the biosynthetic pathway of flavonoids and its roles in the adaptation to abiotic stresses in Nitraria sphaerocarpa. [Method]High-throughput RNA-seq technology was used to generate the transcriptome of current-year leaves,and then the related bioinformatics analysis was performed. [Result]The results showed that 13 013 444 raw reads and 48 921 unigenes were acquired after de novo assembly; 30 407 annotations were acquired from Nr database,19 671 from Swiss-Prot database,9 273 from COG database,46 153 from GO database and 13 654 from KEGG database after function annotation against five databases; 186 unigenes were associated with flavonoid biosynthesisby the analysis of KEGG pathway. [Conclusion]The better transcriptomic data was obtained,and it was rich in the genes involved in flavonoids biosynthesis,which would provide references for the studies of its resistance,medicinal value in future.

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期刊信息
  • 《西北植物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:西北农林科技大学 陕西省植物学会
  • 主编:赵忠
  • 地址:陕西杨陵邰城路3号西北农林科技大学
  • 邮编:712100
  • 邮箱:xbzwxb@vip.163.com
  • 电话:029-87082936
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-4025
  • 国内统一刊号:ISSN:61-1091/Q
  • 邮发代号:52-73
  • 获奖情况:
  • 全国优秀期刊,中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:46104