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基于一致序列多样性分析的启动子预测方法
  • 期刊名称:生物信息学,已接收
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]烟台大学计算机学院,山东烟台264005, [2]烟台大学生命科学学院,山东烟台264005
  • 相关基金:国家自然科学基金(61070118).
  • 相关项目:功能性非编码序列多样性分析及其在外源高效表达基因载体的设计研究
中文摘要:

基于启动子的以下特点:(1)启动子区域有一些一致序列,但对于不同的启动子,一致序列在个别碱基上会有所改变,具有多样性;(2)一致序列的位置并不固定,总是在某个范围内波动;(3)大部分的真核生物启动子都和CpG岛有关。提出了一个新的启动子预测方法,即采用了一种新的统计建模策略,并首次提出了区间位置权重矩阵(IPWM)概率模型。大规模序列测试结果表明,新的启动子预测系统具有较好的敏感性和特异性。

英文摘要:

Based on the following features of promoters : ( 1 ) Promoter regions include some consistent sequences , however, consistent sequence has diversity because of nucleotide variation for different promoters ; ( 2 ) Positions of consistent sequence are not fixed, instead, their positions are actually more likely to fluctuate in an approximate re- gion;(3 ) Most of the eukaryotic promoters are related with CpG island. A new method is presented for promoter prediction which adopts a new statistical modeling, and it is the first time to present a new concept "Interval Position Weight Matrix" probability model. Experimental results on large sequences show that the new promoter prediction system is efficient with higher sensitivity and specificity.

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