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逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子分析
  • ISSN号:1000-3096
  • 期刊名称:《海洋科学》
  • 时间:0
  • 分类:S917[农业科学—水产科学]
  • 作者机构:[1]中国科学院海洋研究所,山东青岛266071, [2]中国科学院研究生院,北京100049
  • 相关基金:国家公益性行业(农业)科研专项(3-35); 国家自然科学基金项目(30800842); 国家高技术研究发展计划项目(863计划,2010AA10A401)
中文摘要:

根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物,采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列,并通过Blast比对、DNAMAN和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1长8 565bp,占AiPrxV基因全长的68%,AT%显著高于GC%。在5 900-6 700bp的区域中包含了不完整的编码区,经分析与文昌鱼、海胆的逆转录酶有极高的相似性,其N端与多种动植物逆转座子的逆转录酶C端具有相似特征。此外,发现AiPrxV I1中包含283个重复序列,在3 500-4 000bp和6 800-7 200bp区域尤为密集。以上特点提示海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子可能是由一个非长末端重复元件逆转座子(non-LTR retrotransposons)插入,逐渐演变而形成的。

英文摘要:

Intron 1(I1) of peroxiredoxin V(PrxV) from bay scallop was amplified following the genome walking method with primers designed based on the known PrxV cDNA and genomic DNA sequences.Blast,DNAMAN and RepFind programs were used for the analysis of AiPrxV I1.The length of AiPrxV I1is 8 565 bp,which is 68% of the total AiPrxV length and the AT% is significantly higher than GC%.There is an incomplete coding region existing in the 5 900-6 700bp region,which shares high similarity with the reverse transcriptases from amphioxus and sea urchin.In addition,the N terminal sequence of the coding region is similar with the C terminal sequences of several reverse transcriptases involved in retrotransposons.Moreover,283 repeated sequences were found in AiPrxV I1,which are mainly located in the regions of 3 500-4 000 bp and 6 800-7 200bp.The characteristics indicate that the AiPrxV I1 of bay scallop might originate from a non-long terminal repeat(non-LTR),a type of retrotransposable elements.

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期刊信息
  • 《海洋科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院海洋研究所
  • 主编:侯一筠
  • 地址:青岛南海路7号
  • 邮编:266071
  • 邮箱:dehail@ms.qdio.ac.cn
  • 电话:0532-82898751
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3096
  • 国内统一刊号:ISSN:37-1151/P
  • 邮发代号:2-655
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21338