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牙菌斑培养菌群宏基因组文库构建及抗生素耐药基因筛选
  • ISSN号:0253-2654
  • 期刊名称:《微生物学通报》
  • 时间:0
  • 分类:Q933[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]北京大学口腔医学院口腔交叉学科实验室,北京100081, [2]中国科学院微生物研究所环境微生物基因组中心,北京100101
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(No.30973317)
中文摘要:

【目的】构建牙菌斑培养菌群宏基因组文库,筛选牙菌斑生物膜中细菌的抗生素耐药基因。【方法】采集20例无龋健康人的集合牙菌斑并进行厌氧培养。提取牙菌斑培养菌群宏基因组构建Fosmid文库。用卡那霉素、四环素及氨苄西林对文库进行筛选,并对筛选到的抗性Fosmid克隆进行末端测序、亚克隆构建、亚克隆测序和序列分析。【结果】构建了牙菌斑培养菌群宏基因组Fosmid文库,插入片段长度在36 48 kb间约有15 120个克隆,插入片段长度小于36 kb的约有3 360个克隆。筛选获得一个氨基糖苷类双功能修饰酶AacA-AphD基因、一个核糖体保护蛋白型四环素耐药基因tet(M)及一个C家族-内酰胺酶基因。【结论】证实了可以通过构建宏基因组文库的方法来筛选牙菌斑培养菌群中的抗生素耐药基因。

英文摘要:

[Objective] Fosmid library of cultured human dental plaque samples was con- structed and screened for antibiotic resistance genes. [Methods] Dental plaques from 20 indi- viduals were obtained and cultured anaerobically in vitro. Bacteria DNA was extracted and Fosmid library was constructed. Antibiotic resistant clones were selected by plating on LB agar containing one of the three antibiotics: kanamycin, tetracycline, and ampicillin. Inserts conferring resistance were sequenced and annotated. [Resultsl A metagenomic Fosmid library was generated, which contained approximately 18 480 clones. Three antibiotic resistance genes were obtained through functional screening, including one kanamycin resistance gene encoding bifunctional aminoglycoside modifying enzyme AacA-AphD, one tetracycline resis- tance gene tet (M) and one ampicillin resistance gene encoding class C beta-lactamase. [Conclusion] It turns out that it is possible to construct fosmid libraries using cultivated dental plaque samples to screen antibiotic resistance genes.

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期刊信息
  • 《微生物学通报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院微生物研究所 中国微生物学会
  • 主编:赫荣乔
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所内B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:xuj@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807511
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2654
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1996/Q
  • 邮发代号:2-817
  • 获奖情况:
  • 1992年中国科学技术协会优秀学术期刊三等奖,1992年国家科委中共中央宣传部新闻出版署“全国优...,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:29487