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拟南芥野生型与隐花素突变体光调节的蛋白质鉴定与聚类分析(英文)
  • ISSN号:1007-7626
  • 期刊名称:中国生物化学与分子生物学报
  • 时间:2012
  • 页码:42-52
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]湖南大学生物学院植物功能基因组学与发育调控湖南省重点实验室,湖南长沙410082, [2]湖南大学金融与统计学院,湖南长沙410079
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31071076;30871325);高等学校博士学科点专项科研基金博导类课题(20130161110005);教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-10-0363);湖南省杰出青年基金项目(11JJ1005);教育部留学回国人员科研启动基金项目([2011]1139);湖南大学20013年大学生创新训练(SIT)计划项目(2013019)
  • 相关项目:拟南芥新型GHMP基因调控逆境信号途径的分子机制
中文摘要:

高丝氨酸激酶(EC2.7.1.39)是拟南芥中合成甲硫氨酸和苏氨酸的关键酶之一。作者利用DNAMAN软件分析高丝氨酸激酶的氨基酸组成和等电点;利用生物信息学在线网站预测分析其疏水性、二级结构、跨膜结构域、信号肽区域、PEST序列、化学修饰位点及亚细胞定位等;利用SWISS—MODEL软件进行同源建模,使用Chimera(V1.8.1)做结构修饰处理,最后利用Molprobity4及ERRAT(V2.0)对建模结果进行结构质量分析。结果发现:HSK预测等电点为8.48,平均亲水性0.267;二级结构中α-螺旋占34.32%,不规则卷曲占48.11%,延伸链占17.57%;高丝氨酸激酶的预测模型经验证具有稳定的空间结构,符合立体化学规则。

英文摘要:

Homoserine Kinase (EC 2.7.1.39, HSK) is among the key enzymes involved in the biosynthesis of Met and Thr in Arabidopsis thaliana. In this study, we analyzed the amino acid composition and iso-electric point of HSK by DNAMAN software, and its physicoehemical and structural properties e.g. secondary structures, hydrophobicity, transmembrane domains, signal peptide, PEST sequences, Chemically modified sites as well as subcellular localization were predicted using bioinformatics websites. Homology modeling was done utilizing SWISS-MODEL, structurally modified using Chimera( V1.8.1 ) and checked quality by Molprobityd and ERRAT( V 2.0). The results showed that the pI ofHSK was 8.48. The positive GRAVY score value, 0. 267, ensured its better hydropathicity. Random coil was dominated, reaching 48.11% , in secondary structure of HSK and α-helix 34.32% , extended strand 17.57%. The homology modeling structure was verified to be stable and met the rules of stereochemistry.

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期刊信息
  • 《中国生物化学与分子生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国生物化学与分子生物学会 北京大学
  • 主编:周春燕
  • 地址:北京市学院路38号北京大学医学部
  • 邮编:100083
  • 邮箱:shxb@bjmu.edu.cn
  • 电话:010-82801416
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-7626
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3870/Q
  • 邮发代号:82-312
  • 获奖情况:
  • 被美国《CA》列入世界引用频次最高的《千种表》
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:9731