我国海水养殖发展迅猛,已成为渔业产业的重要构成部分,为了测算我国海水养殖投入产出效率并分析其发展中存在的问题,收集2004—2013年我国沿海9个省、市的海水养殖投入产出指标,运用DEA模型、Malmquist指数,分析了我国海水养殖的全要素生产率、规模经济效应,并进行了地区间的动态比较。实证结果表明:2002—2009年我国海水养殖全要素生产率的动态均值有较明显改善,其中技术进步贡献高,技术效率贡献低;全要素生产率的动态均值存在地区差异;规模报酬在不同省、市和不同年份也存在地区差异及动态变化。