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基于核小体位置预测的酵母进化印迹研究
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:2013.6.15
  • 页码:150-152+160
  • 分类:Q3[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]云南民族大学电气信息工程学院,云南昆明650500
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31160234);云南省应用基础研究计划项目(2011FB082).
  • 相关项目:真核模式生物核小体定位机制比较基因组研究
中文摘要:

在利用核小体定位实验数据训练支持向量机(SVM)对任意酵母DNA序列的核小体形成能力进行预测的过程中,发现染色质结构对基因组DNA分子进化过程有着显著影响。我们观察到核小体DNA比连接DNA的平均预测准确率低15%,这种普遍存在的局部预测准确率差异性代表了酵母核小体定位的进化印迹(Evolutionary footprint),它揭示了核小体组织在基因组的整个进化过程中所具有的保守性。

英文摘要:

When we used DNA sequences of Saccharomyces cerevisiae whose nucleosome positioning data have been experimentally determined to train a support vector machine to predict the nucleosome formation potential of any given sequence of DNA, we observed that chromatin structure has an impact on the evolution of genomic DNA mol- ecules. We have found, on average, 15% lower predictive accuracy rates in nueleosomal DNA than in linker DNA. This widespread local rates heterogeneity represents an evolutionary footprint of nueleosome positions and re- veals that nucleosome organization is a genomic feature conserved over evolutionary timescales.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292