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甘油水溶液氢键特性的分子动力学模拟
  • ISSN号:1000-6818
  • 期刊名称:《物理化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]大连理工大学,海洋能源利用与节能教育部重点实验室,辽宁大连116024
  • 相关基金:国家自然科学基金(50475100)资助项目 致谢:本文的计算均在大连理工大学工程力学计算中心深腾1800服务器上进行,在此表示感谢.
中文摘要:

为了研究低温保护剂溶液的结构和物理化学特性,以甘油为保护剂,采用分子动力学方法,对不同浓度的甘油和水的二元体系进行了模拟.得到了不同浓度的甘油水溶液在2 ns内的分子动力学运动轨迹,通过对后1 ns内运动轨迹的分析,得到了各个原子对的径向分布函数和甘油分子的构型分布.根据氢键的图形定义,分析了氢键的结构和动力学特性.计算了不同浓度下体系中平均每个原子(O和H)和分子(甘油和水)参与氢键个数的百分比分布及其平均值.同时还计算了所有氢键、水分子之间的氢键以及甘油与水分子之间的氢键的生存周期.

英文摘要:

To study the structure and physicochemical characteristics of cryoprotective agent (CPA) solutions, glycerol has been chosen as a CPA and the molecular dynamics method was used to simulate glycerol and water binary systems with different concentrations. Molecular dynamics trajectories of aqueous glycerol solutions within 2 ns were obtained. After a detailed analysis of trajectories within the last 1 ns, the intermolecular radial distribution functions for C-C, C-O, C-H, O-H, O-O and H-H pairs and the backbone conformation distributions of glycerol molecules were calculated. Based on geometrical criteria, structural and dynamics characteristics of the hydrogen bonding network were analyzed. Distribution percentages and average values of the number of hydrogen bonds per atom (O and H atoms) and per molecule (glycerol and water molecules) were calculated. The lifetimes of total hydrogen bonds, hydrogen bonds between water molecules and hydrogen bonds between glycerol and water molecules were also studied.

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期刊信息
  • 《物理化学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京大学化学与分子工程学院承办
  • 主编:刘忠范
  • 地址:北京大学化学楼
  • 邮编:100871
  • 邮箱:whxb@pku.edu.cn
  • 电话:010-62751724
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6818
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1892/O6
  • 邮发代号:82-163
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24781