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1型鸭疫里默氏杆菌铁依赖抑制子RaDtxR全长基因的扩增及生物信息学分析
  • ISSN号:1004-874X
  • 期刊名称:《广东农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S855.1[农业科学—临床兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]广东省农科院动物卫生研究所/广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640
  • 相关基金:国家自然科学基金青年科学基金(31101834);广东省自然科学基金(10151064001000013);广东省自然科学基金(9251064001000010);广东省农业科学院院长基金(201015)
中文摘要:

为了扩增1型鸭疫里默氏杆菌铁依赖抑制子基因(RaDtxR)全长序列,对SiteFing—PCR技术做了改良。改良后的SiteFinding—PCR技术更加简单、方便且省时。SiteFinding—PCR结果显示,获得的目的片段大小为937bp,向前延伸了710bp。RaDtxR全长基因序列为654个核苷酸,编码217个氨基酸。生物信息学表明,RaDtxR包含完整的铁离子依赖抑制子超家族保守结构域,在进化分类上更接近于白喉棒状杆菌毒素抑制子DtxR。同源建模表明,RaDtxR氨基酸序列含有典型的FUR/DtxR抑制子的HTH结构。

英文摘要:

SiteFinding-PCR was modified to amplify the full length of iron dependent repressor gene of Remerella anatipestifer, which was more simple, convenient and time-saved. The result of modified SiteFinding-PCR indicated the amplified fragment of interest was 937 bp and extended 710 bp, RaDtxR gene consisited of 654 nucleotide acids and encoded 217 amino acids. Bioinformatics analysis showed that there was a complete iron dependent repressor superfamily conserved construction domian. RaDtxR sequence was closer to the diphtheria toxin repressor (DtxR) from C. diphtheriae in the phylogenesis. The structure of RaDtxR protein modeled online using SWISS-MODEL contained the typical HTH structure of Fur/DtxR proteins reported previously.

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期刊信息
  • 《广东农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广东省农业科学院
  • 主办单位:广东省农业科学院 华南农业大学
  • 主编:
  • 地址:广州市天河区金颖路31号五山广东省农科院农经所
  • 邮编:510640
  • 邮箱:gdnykx@vip.163.com
  • 电话:020-38319948 38319941 38319942 38319946
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-874X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1267/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 广东省第二、第三届优秀科技期刊,广东省首届十佳期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,第四届全国农业优秀期刊一等奖,第五届全车优秀农业期刊鑫犁奖一等奖,首届全国CAD规范一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:33995