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限制性酶切扫描技术测定DNA甲基化组的方法建立
  • ISSN号:1009-9158
  • 期刊名称:《中华检验医学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R730.231[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]北京市肿瘤医院 北京大学临床肿瘤学院 北京市肿瘤防治研究所病因研究室,100036, [2]解放军总医院血液科
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划(973计划)资助项目(2005CB522403/8);国家自然科学基金资助项目(39970318)
中文摘要:

目的优化试验条件,建立用于DNA甲基化组测定的限制性酶切扫描技术(RLGS)。方法选取冰冻胃癌组织及其周围非癌组织各2份,提取基因组大分子DNA(〉50000bp),用甲基化敏感的限制性内切酶Not Ⅰ等对DNA进行多重酶切、同位素”P标记、二维电泳、扫描分析,并且根据已有的位点DNA序列数据库,确定所得扫描图谱上位点所对应的序列信息。结果成功得到RLGS扫描图;有效点平均在1200个左右,标本质量较好的图谱平均可获得有效点1800个左右,与国外实验室的平均水平相当,经过比对可找出放射自显影信号强度减弱或增强的点,结果可重复,并能在Not Ⅰ-EcoR V克隆文库中找到这些点所对应的序列信息。结论成功建立了RLGS技术平台,并能够稳定工作。

英文摘要:

Objective To optimize the experiment conditions and set up the platform of restriction landmark genome scanning (RLGS) for detection of methylation. Methods High molecular weight genomic DNA ( 〉 50 000 bp)was extracted from frozen gastric cancer tissue and their corresponding normal samples and used for RLGS assay. The genome DNA was digested by methylation-sensitive restriction enzyme Not I , and labeled by radioisotope 32p, then separated by two-dimensional electrophoresis and autoradiography. Experimental conditions for each step were optimized step by step. DNA fragment sequences for the dots on scanning profile were identified according to the human RLGS database. Results RLGS assay was set up and used to get the RLGS profiles of the representative tested samples successfully. These profiles can display more than 1 200 available dots averagely, the profiles of high quality DNA sample can display more than 1 800 dots which is the average level at an excellent RLGS lab, discrepant dots which had weaken or enhanced signals and their sequence information were obtained. The result can be reproduced. Conclusion The RLGS assay is established, stabilized for detection of DNA methylation of tissue samples.

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期刊信息
  • 《中华检验医学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中华医学会
  • 主编:
  • 地址:北京市东四西大街42号
  • 邮编:100710
  • 邮箱:office@cma.org.cn
  • 电话:010-85158180
  • 国际标准刊号:ISSN:1009-9158
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4452/R
  • 邮发代号:2-71
  • 获奖情况:
  • 1998年获中国科协优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:36520