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番红花EST资源的SSR信息分析
  • ISSN号:1000-3142
  • 期刊名称:广西植物
  • 时间:0
  • 页码:43-46+96
  • 分类:Q75[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]湖北师范学院生命科学学院,湖北黄石435002
  • 相关基金:国家自然科学基金(30900157); 湖北省教育厅青年项目(Q20082201); 湖北师范学院人才引进项目(2007F13)
  • 相关项目:沙冬青基因组SSR和EST-SSR的遗传多样性研究
作者: 陈国庆|
中文摘要:

从NCBI公共数据库下载得到6745条番红花EST,通过前处理得到全长为612.01kb的无冗余EST1431条。在这些序列中搜索出108个SSR,分布于103条EST中,出现频率为7.55%。这些EST-SSR的平均分布距离是5.67kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是番红花主要的重复类型,分别占总EST-SSR的30.56%和37.96%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸重复中的优势基元,分别占二、三核苷酸重复的66.67%和29.27%。本研究为番红花EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。

英文摘要:

6745 ESTs of saffron crocus in the public database of NCBI were downloaded and analysed,resulting in 1431 non-redundant ESTs with total length about 612.01 kb.A total of 108 SSRs distributed in 103 ESTs were detected,accouting for 7.55% of the non-redundant ESTs.The average distribution distance of these EST-SSRs was about 5.67 kb.Dinucleotide and trinucleotide repeats were the main types in Crocus sativus,accouting for 30.56% and 37.96% of all the SSRs,respectively.AG/CT and AAG/CTT are the most frequent motifs,accounting for 66.67% and 29.27% in dinucleotide and trinucleotide repeats,respectively.The present study provides a base for the development and further applification of EST-SSR markers in saffron crocus.

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期刊信息
  • 《广西植物》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西科学院
  • 主办单位:广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所 广西植物学会
  • 主编:李先琨
  • 地址:桂林市雁山
  • 邮编:541006
  • 邮箱:guihaia@gxib.cn
  • 电话:0773-3550074
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3142
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1134/Q
  • 邮发代号:48-43
  • 获奖情况:
  • 本刊1996、2000、2004、2008年连续四届入选为"国...,2001年起入选为"中国期刊方阵双效期刊",2002年起入选为"中国科学引文数据库(CSCD)核心期刊",2004、2006、2008、2010年连续入选为国家科技部"...,2005年起被评定为"中国科技精品期刊",编入由全国...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:14545