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融合PPI和基因表达数据的关键蛋白质识别方法
  • ISSN号:1672-7207
  • 期刊名称:中南大学学报(自然科学版)
  • 时间:2013
  • 页码:1024-1029
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q31[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,湖南长沙410083
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(61003124);高等学校博士点专项基金资助项目(20090162120073);湖南省科技计划项目(2009FJ3053)
  • 相关项目:面向动态蛋白质网络的功能模块挖掘方法及其应用研究
中文摘要:

提出一种新的融合了基因表达数据和PPI网络的拓扑特性来识别关键蛋白质的中心性测度PeC。对于网络中的每一条边,PeC首先计算该边的聚集系数和该边相连的2个基因(蛋白质)共表达的皮尔逊相关系数,并在此基础上进一步计算出该边的权值。网络中每个节点的PeC值即为其所连接的所有边的权值之和。基于酵母PPI网络上的实验结果表明,PeC明显优于其他8种中心性拓扑参数DC,BC,CC,SC,EC,IC,LAC和SoECC;特别地,在预测的蛋白质数量不大于总数量的10%的情况下,PeC的预测准确率相对于SC,CC和EC提高20%以上。

英文摘要:

A new method for identifying essential proteins based on the integration of PPI and gene expression data named PeC was proposed.For each edge of the network,its edge clustering coefficient(ECC)and Pearson correlation coefficient(PCC)were calculated.And then,the weight of each edge was computed based on ECC and PCC.Then,a protein’s PeC value was defined as the sum of weights of the edges connected to it.The experimental results on the yeast protein interaction network show that PeC is obviously higher than other eight centrality measures(DC,BC,CC,SC,EC, IC,LAC and SoECC)in the prediction accuracy of essential proteins.Especially,for less than the top 10%proteins selected as the candidate essential proteins,the prediction accuracy of PeC has 20%higher than those of SC,CC and EC.

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期刊信息
  • 《中南大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:中南大学
  • 主编:黄伯云
  • 地址:湖南长沙中南大学校本部
  • 邮编:410083
  • 邮箱:zngdxb@csu.edu.cn
  • 电话:0731-88879765
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-7207
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1426/N
  • 邮发代号:42-19
  • 获奖情况:
  • 首届全国优秀科技期刊评比一等奖,第二届全国优秀科技期刊评比一等奖,首届中国有色金属工业优秀科技期刊评比一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:20874