目的:开发新型石刁柏EST-SSR分子标记和开展相关的分子生物学研究。方法:利用EST-trimmer、Repeat Masker、SSRIT等生物信息学分析工具对石刁柏EST数据库中的EST序列进行去除poly A/T尾,载体、重复序列和低质量序列处理,并对EST序列中SSR分布特征进行了分析。结果:在NCBI数据库中下载的8 565条石刁柏EST序列中,重复次数超过5次的SSR共有610个,其中分布于601~800bp的EST-SSR标记最多,共464个,占SSR总数的77.33%;主要SSR重复基元类型是二核苷酸,共426个,占SSR总数的69.84%,其次是三核苷酸占SSR总数的29.18%。四核苷酸和五核苷酸的SSR仅各3个。结论:石刁柏EST中存在丰富的SSR信息,其中二核苷酸的AG/TC、GA/CT以及三核苷酸的CTT/GAA是SSR主要的重复单元。