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石刁柏EST序列中微卫星分布特征分析
  • ISSN号:1004-311X
  • 期刊名称:生物技术
  • 时间:0
  • 页码:27-30
  • 分类:Q81[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]河南师范大学生命科学学院
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30970211); 河南省基础与前沿技术研究项目(2010A180010)资助
  • 相关项目:石刁柏性染色体DNA及组蛋白甲基化模式分析
中文摘要:

目的:开发新型石刁柏EST-SSR分子标记和开展相关的分子生物学研究。方法:利用EST-trimmer、Repeat Masker、SSRIT等生物信息学分析工具对石刁柏EST数据库中的EST序列进行去除poly A/T尾,载体、重复序列和低质量序列处理,并对EST序列中SSR分布特征进行了分析。结果:在NCBI数据库中下载的8 565条石刁柏EST序列中,重复次数超过5次的SSR共有610个,其中分布于601~800bp的EST-SSR标记最多,共464个,占SSR总数的77.33%;主要SSR重复基元类型是二核苷酸,共426个,占SSR总数的69.84%,其次是三核苷酸占SSR总数的29.18%。四核苷酸和五核苷酸的SSR仅各3个。结论:石刁柏EST中存在丰富的SSR信息,其中二核苷酸的AG/TC、GA/CT以及三核苷酸的CTT/GAA是SSR主要的重复单元。

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期刊信息
  • 《生物技术》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:黑龙江省科学院
  • 主办单位:黑龙江省科学院微生物研究所 黑龙江省微生物学会 黑龙江省生物工程学会
  • 主编:张介驰
  • 地址:哈尔滨市道里区兆麟街68号
  • 邮编:150010
  • 邮箱:swjszz@163.com
  • 电话:0451-84615121
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-311X
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1319/Q
  • 邮发代号:14-225
  • 获奖情况:
  • 中国生物学核心期刊,中国核心期刊(遴选)数据库...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:13503