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畜禽基因组选择中贝叶斯方法及其参数优化策略
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S813.3[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:河北农业大学动物科技学院, 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 吉林农业大学动物科学技术学院
  • 相关基金:现代农业(肉牛)产业技术体系岗位科学家(CARS-38);肉牛多品种全基因组选择关键技术(31272428)
中文摘要:

本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计,遗传力估计约为0.29。主成分分析显示,群体内不存在显著的群体分层现象,然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析,共得到10个显著的单核苷酸(SNP)位点(P【0.05),其中,4个显著的SNPs在1号染色体上,4个显著的SNPs在3号染色体上,2个显著的SNPs在5号染色体上。使用HAPLOVIEW软件对1~3号染色体上88个SNPs进行连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)分析,确定2个QTLs(QTL1和QTL5)分别在1号和3号染色体上,2、4、5号染色体没有检测到QTL。利用BayesCPi模型进行全基因组关联分析研究,通过基因组窗口效应方差图谱确定1个QTL在1号染色体上,2个QTL在2号染色体上,1个QTL在3号染色体上。

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620