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利用深度测序技术检测玉米根系和叶片中已知的microRNAs
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:Q522[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]四川农业大学玉米研究所,教育部作物基因资源与遗传改良重点实验室,雅安625014, [2]四川省农业科学院作物研究所,国家玉米改良分中心,成都610066, [3]四川省农业科学院农产品加工研究所,成都610066, [4]四川农业大学生命科学与理学院,雅安625014
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金项目(编号:30900901)和转基因生物新品种培育重大专项(编号:2008ZX08003-003)资助
中文摘要:

microRNA(miRNA)是一类具有20~24nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用。文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型、丰度及靶基因进行了分析。研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1~105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1~85973之间。靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控、物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程。以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异。

英文摘要:

microRNA(miRNAs) is a newly identified class of 20~24 nt non-protein-coding and endogenous small RNA,which plays an important role in plant growth,development and response to environmental stresses.Combined with bioinformatic method,the types,abundance,and targets of known miRNAs in root and leaf of maize(Zea mays L.) were analyzed by small RNA deep sequencing technology,which was based on Illumina/Solexa principium.The results indicated that 92 known miRNAs were detected in maize root,which were attributed to 18 miRNA families and their abundance ranged from 1 to 105 943 reads.Synchronously,86 known miRNAs were detected in maize leaf,which were attributed to 17 miRNA families and their abundance ranged from 1 to 85 973 reads.The target gene prediction showed that 54 putative target genes as these known miRNAs were predicted.Some of them were involved in the following processes,such as transcription regulation,substance and energy metabolism,electron transport,stress response,and signal transduction through further function prediction.In conclusion,there were obvious differences in both types and abundance of known miRNAs between root and leaf in maize.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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