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一种高速精确单模式串匹配算法
  • ISSN号:1000-1239
  • 期刊名称:《计算机研究与发展》
  • 时间:0
  • 分类:TP391.3[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院,哈尔滨150001, [2]绥化学院计算机科学与技术系,黑龙江绥化152000
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(60503055);黑龙江省博士后启动基金项目(323630217)
中文摘要:

串匹配问题是计算机科学的基础问题之一,是网络安全、信息检索与过滤、计算生物学等众多领域的核心问题,其中,高速精确单模式匹配算法设计又是各种串匹配问题的基础.基于SBNDM2,通过修改位掩码有效位到无符号整数的高位,将BNDM算法核心循环化简至最简形式(5指令/字符),并引入越界保护机制,提出S2BNDM系列精确单模式匹配算法.实验结果显示,S2BNDM系列算法在任何情况下都快于SBNDM2,对于英文语料(m〈32)和DNA序列(优〈8),S2BNDM系列算法为现有已知最快算法.

英文摘要:

String matching problem is a fundamental problem in computer science. It is the key problem of many important scopes such as network security, information retrieval and filtration, computational biology, etc. And the design of exact single pattern string matching algorithm with high performance is the basis of all string matching problems. In this paper, the authors improve one of the fastest exact single pattern matching algorithms known on English text, which is SBNDM2. The simplest form of the BNDM core loop is obtained, in which there are only 5 instructions per character read by amending the relationship between position in the pattern and bit in the bitmask. And a cross-border protection method is added to the algorithm in order to reduce the cost of crossborder inspection. Two algorithms named S2BNDM and S2BNDM' are presented. The experimental results indicate that both S2BNDM and S2BNDM' are faster than SBNDM2 in any case. It can be considered that S2BNDM is the fastest algorithm on English text (2〈m≤12) /DNA sequence (2〈m≤8), and S2BNDM' is the fastest algorithm on English text (13≤m〈32).

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期刊信息
  • 《计算机研究与发展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院计算技术研究所
  • 主编:徐志伟
  • 地址:北京市科学院南路6号中科院计算所
  • 邮编:100190
  • 邮箱:crad@ict.ac.cn
  • 电话:010-62620696 62600350
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1239
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1777/TP
  • 邮发代号:2-654
  • 获奖情况:
  • 2001-2007百种中国杰出学术期刊,2008中国精品科...,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:40349