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滇金丝猴粪便微生物GH10家族木聚糖酶基因多样性
  • ISSN号:0253-2654
  • 期刊名称:《微生物学通报》
  • 时间:0
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]云南师范大学生命科学学院,云南昆明650500, [2]生物能源持续开发利用教育部工程研究中心,云南昆明650500, [3]云南省生物质能与环境生物技术重点实验室,云南昆明650500, [4]云南师范大学酶工程重点实验室,云南昆明650500
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(No.31160229,31360268)
中文摘要:

【目的】分析滇金丝猴粪便微生物中GH10家族木聚糖酶的基因多样性。【方法】以野生和半圈养滇金丝猴粪便微生物宏基因组DNA为模板,用GH10木聚糖酶简并引物扩增木聚糖酶基因片段,利用p MD19-T载体构建细菌克隆文库并进行分析。【结果】从野生和半圈养滇金丝猴粪便微生物克隆文库中分别获得26、28条GH10木聚糖酶基因片段,与Gen Bank中木聚糖酶序列一致性分别介于58%-95%、63%-81%之间。比对分析表明,两种环境中的GH10木聚糖酶均来自厚壁菌门、拟杆菌门和未培养细菌。野生滇金丝猴粪便微生物的GH10木聚糖酶基因来源于Uncultured bacterium和Butyrivibrio、Bacteroides、Ruminococcus、Sphingobacterium、Chryseobacterium、Clostridium、Bacillus 7个属;而半圈养滇金丝猴粪便微生物的GH10木聚糖酶基因来源于Uncultured bacterium和Clostridium、Paludibacter、Sphingobacterium、Ruminococcus、Roseburia、Chryseobacterium 6个属,其中两种环境都存在来源于Ruminococcus、Clostridium、Chryseobacterium、Sphingobacterium的GH10木聚糖酶。【结论】滇金丝猴粪便微生物中含有丰富的GH10木聚糖酶基因,且野生和半圈养两种不同环境中GH10木聚糖酶基因的微生物来源存在一定差异。该研究丰富了动物胃肠道中GH10木聚糖酶基因多样性,并为新型木聚糖酶的开发和滇金丝猴胃肠道微生物资源的利用奠定了基础。

英文摘要:

[Objective] The diversity of the glycosyl hydrolase family 10(GH10) xylanase gene of fecal microorganism of Rhinopithecus bieti is studied. [Methods] Using the genomic DNA extracted from the feces of wild and half-wild R. bieti as template, we amplified xylanase gene fragments by degenerate primer of GH10 xylanase. Bacteria clone library is constructed and analyzed using p MD19-T vector. [Results] From fecal microbial clone library of wild and half-wild R. bieti 26 and 28 GH10 xylanase gene fragments are respectively acquired, whose identity with xylanase sequences in Gen Bank varies from 58%-95% to 63%-81%. Blast results shows that microbial composition of GH10 xylanase from two different environments is similar, including the Firmicutes, Bacteroidetes and uncultured bacteria. GH10 xylanase gene of fecal microbiome of wild R. bieti derives from Uncultured bacterium, Butyrivibrio, Bacteroides, Ruminococcus, Sphingobacterium, Chryseobacterium, Clostridium, Bacillus, while that of half-wild R. bieti only from Uncultured bacterium, Clostridium, Paludibacter, Sphingobacterium, Ruminococcus, Roseburia, Chryseobacterium. There is GH10 xylanase existing in both environments, including Ruminococcus, Clostridium, Chryseobacterium, Sphingobacterium. [Conclusion] There are abundant GH10 xylanase genes in fecal microorganism of wild and half-wild R. bieti and there is some difference in their microbial sources. This research enriches the diversity of GH10 xylanase in animal gastrointestinal tract as well as sets foundations for the exploitation of novel xylanase and the utilization of microbial resources in R. bieti's gastrointestinal tract.

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期刊信息
  • 《微生物学通报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院微生物研究所 中国微生物学会
  • 主编:赫荣乔
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所内B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:xuj@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807511
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2654
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1996/Q
  • 邮发代号:2-817
  • 获奖情况:
  • 1992年中国科学技术协会优秀学术期刊三等奖,1992年国家科委中共中央宣传部新闻出版署“全国优...,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:29487