根据2003年10月和2004年4月的三峡库区调查,三峡水库二期蓄水后的流速、流量、水深都发生了变化,干流流速为0.13~0.24 m/s,远低于天然河道状态下2 m/s的平均流速;支流回水段流速普遍低于0.05 m/s,远低于天然状况下1~3 m/s的平均流速。总磷浓度为0.063~0.098 mg/L;总氮浓度为1.10~1.85 mg/L。从营养盐单因子考虑,国际上一般认为,当水体中总磷、总氮浓度分别达到0.02 mg/L和0.20 mg/L这一临界值时,水体就有可能出现富营养化现象。对三峡库区的研究结果表明:河流型水体为贫营养状态,过渡型水体为中营养状态,部分湖泊型水体为富营养状态,三峡水库存在着发生藻类异常繁殖的“水华”现象的可能。