位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
用生物信息学挖掘玉米中的microRNAs及其靶基因
  • ISSN号:0496-3490
  • 期刊名称:《作物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]四川农业大学玉米研究所,四川雅安625014
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30900901); 教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目(20095103120002)资助
中文摘要:

microRNA(miRNA)是一类内源性的、19~24碱基长度的小分子非编码RNA,通过碱基互补调控靶基因的表达,在多细胞生物的基因表达调控过程中扮演着十分重要的角色。植物中的miRNAs具有高度的保守性,这为通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路和途径。本研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与玉米EST和GSS数据库的比对,并设置一系列严格的筛选标准,共筛选到23条新的玉米miRNAs;利用WMD3在线植物miRNAs靶基因预测软件,对新发现的玉米miRNAs进行靶基因预测,总共预测到89个靶基因,进一步功能分析发现,这些靶基因参与玉米的生长发育、信号转导、转录调节、新陈代谢及逆境胁迫响应等调控过程。

英文摘要:

microRNAs(miRNAs) are an extensive class of endogenous,non-coding,short(19–24 nt) RNA molecules directly involved in regulating gene expression at the post-transcriptional level and played an important role in gene expression regulation.Previous reports have noted that plant miRNAs are highly conserved,which provides the foundation for identification of miRNAs in plant species through homology alignment.With the method of bioinformatic computation,all previously known miRNAs in Arabidopsis,rice,and other plant species were blasted against maize EST(expressed sequence tags) and GSS(genomic survey sequence) sequences to select novel miRNAs in maize by a series of filtering criteria.A total of 23 conserved miRNAs were identified and predicted the target genes by a web-based integrated computing system,WMD 3.Total of 89 miRNA targets were predicted and verified to be involved in maize growth and development,signal transduction,transcriptional regulation,metabolism,and stress responses.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《作物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国作物学会 中国农业科学院作物科学研究所
  • 主编:万建民
  • 地址:北京海淀区中关村南大街12号中国农业科学院
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zwxb301@caas.cn
  • 电话:010-82108548
  • 国际标准刊号:ISSN:0496-3490
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1809/S
  • 邮发代号:82-336
  • 获奖情况:
  • 2002年-第三届中国科协优秀科技期刊二等奖,2002-2009年-百种中国杰出学术期刊,2004年获“全国优秀期刊一等奖”,2005年获第三届国家期刊奖提名奖,2009年评为“2008年度中国精品科技期刊”,2009年被评为“新中国60年有影响力的期刊”,2011年获"第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖"
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:49369