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分类特征变量法用于筛选鼻咽癌代谢标记物
  • ISSN号:1001-4160
  • 期刊名称:《计算机与应用化学》
  • 时间:0
  • 分类:Q74[生物学—分子生物学] O641.12[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]中南大学化学化工学院中药现代化研究中心,湖南长沙410083, [2]中南大学湘雅医院医学实验研究中心,湖南长沙410008
  • 相关基金:国家自然科学基金(20875104); 中国博士后科学基金(20080440181); 中国博士后科学基金(200902481); 科技部国际科技合作项目(2007DFA40680)资助
中文摘要:

本文提出1种新的筛选生物标记物的方法——分类特征变量法(CCV)。该法是在偏最小二乘法(PLS)的原理上,建立的统计学方法,不但包含判别函数的信息,而且兼顾分类潜变量的信息,在生物标记物筛选过程中表现出优势。本文不仅阐述了CCV法的原理和计算方法,还对实际代谢组数据体系的应用过程进行了详细描述。针对气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)获得的鼻咽癌病人和健康人的血清代谢指纹图谱数据,采用该法筛选潜在的生物标记物。得到19个变量,分别对应13种内源性代谢物,并与载荷矢量图法筛选得到的代谢标记物的判别能力进行比较。以2种方法各自筛选出的特征变量为输入数据,用偏最小二乘-线性判别分析(PLS-DA)和交互检验(CV)分别验证其分类判别能力和预测能力。结果表明,CCV明显优于目前常用的载荷矢量图法,是1种新的快速有效的生物标记物筛选方法。

英文摘要:

Based on both discriminant function and latent variables,classified characteristic variable(CCV) were quite suitable to screen potential biomarkers.In this paper,the principle and the calculation of this method were elucidated.Gas chromatography-mass spectrometry(GC-MS) was applied to analyze serum profiles of nasopharyngeal carcinoma patients and health controls.Based on CCV method,potential biomarkers were screened.The effects were investigated by using the cross validation(CV) and PLS-LDA.The study showed that the correct rate based on CCV method was superior to which based on loadings plot method.

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期刊信息
  • 《计算机与应用化学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院过程工程研究所
  • 主编:王基铭
  • 地址:北京中关村北二街1号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:jshx@home.ipe.ac.cn
  • 电话:010-62558482
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-4160
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3763/TP
  • 邮发代号:82-500
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院优秀期刊三等奖,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,1998年中国科技期刊影响因子工程类第二名,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:9060