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燕麦EST数据库中Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的频数分析
  • ISSN号:1007-4333
  • 期刊名称:中国农业大学学报
  • 时间:2014.8.15
  • 页码:23-30
  • 分类:S512.6[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]山西农业大学农学院, [2]山西农业大学旱作工程研究所
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31101199);山西省基础研究计划项目(2012021024-2);山西农业大学“中青年学术带头人及学术骨干”项目(XG201209);山西农业大学引进人才科研启动项目(XB2010009)
  • 相关项目:燕麦基因组特异性反转录转座子对干旱胁迫响应分子机制研究
中文摘要:

为研究转座元件(Transposable elements,TES)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析。结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P【0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P【0.05),约为正常条件下的(E【e-10,0.12%)2倍;Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子在根的分蘖期频率差异极显著(P【0.01)。这些结果揭示了燕麦属Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子的转录存在组织和发育的时空特异性及环境应答现象,为预测重复元件的表达模式提供了依据。同时,检索到的反转录转座子也有助于对燕麦基因组序列的注释。

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期刊信息
  • 《中国农业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:中国农业大学
  • 主编:李保国
  • 地址:北京海淀区圆明园西路2号
  • 邮编:100094
  • 邮箱:xuebao@cau.edu.cn
  • 电话:010-62732619
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-4333
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3837/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21575