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镜鲤体重的QTL定位
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:《基因组学与应用生物学》
  • 时间:0
  • 分类:S828.2[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨150070, [2]上海海洋大学水产与生命学院,上海201306, [3]哈尔滨师范大学,哈尔滨150025, [4]大连海洋大学生命科学与技术学院,大连116023
  • 相关基金:本研究由国家重大基础研究发展规划(973)项目“重要养殖鱼类功能基因组和分子设计育种的基础研究”(No.2010CB126305)和黑龙江水产研究所基本科研业务费专项资金(No.2009HSYZX-SJ-08)共同资助
中文摘要:

本研究利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测。其中507个标记共组成62个连锁群,覆盖基因组总长度为2805.85cM,标记问平均距离为6-31cM;利用软件MapQTL4.0采用区间作图法对体重性状进行QTL定位分析。研究结果共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BIV-5-J有最大的LOD值,为4.46;BIV—I-1的LOD值最小,为2.25。单个QTL平均解释表型变异介于14.10%~45.50%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有9个。通过BLASTX与斑马鱼蛋白质序列数据库进行序列比对,找到了与斑马鱼酰基辅酶A脱氢酶蛋白、胰淀粉酶仅2蛋白、Apoebprotein和甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白同源的分子标记。本研究结果对分子标记辅助育种具有重要应用价值。

英文摘要:

In this study, 217 microsatellite markers and 336 SNPs markers were selected to analyze the genomic DNA of 68 individuals derived from the group of F2 hybrids mirror carp (Cyprinus carpio L.). A genetic linkage map was constructed using 507 markers. The map spaned 2 805.85 cM over 62 linkage groups, with an average spacing of 17.07 cM. Then quantitative trait loci (QTLs) associated with body weight were identified by the interval mapping of the software MapQTL 4.0. Fourteen QTLs were identified for body weight on nine linkage groups. Among the existence of fourteen QTLs controlling body weight in mirror carp the maximum LOD score was found to be 4.46 (BW-5-1) and the minimum score was found to be 2.25 (BIV-I-1). The variances explained by these QTLs ranged from 14.10% to 45.50% and nine major QTLs explained over 20% of the phenotypic variations. By BLASTX with the zebrafish protein sequence database for sequence alignment, and found with the zebra fish protein acyl-coenzyme a dehydrogenase, amylase α2 protein, apoeb protein and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase protein homologous molecular markers. The results could be well used for molecular marker as- sisted selection and breeding.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299