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基于复杂网络理论的产甲烷常温菌和嗜热菌的代谢网络的拓扑与模块化的研究
  • ISSN号:1001-4160
  • 期刊名称:计算机与应用化学
  • 时间:2012
  • 页码:642-646
  • 分类:TP339[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q5[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]江南大学物联网工程学院,江苏无锡214122, [2]工业生物技术教育部重点实验室,江苏无锡214122
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(21001053);中央高校基本科研业务费专项资金资助(JUSRP11126)
  • 相关项目:铁超氧化物歧化酶热稳定性的关键因素研究
中文摘要:

近几年,复杂网络的研究正成为广泛关注的热点,代谢网络是复杂网络的一个例子。本文以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivoransm(M.acetivorans)和嗜热古细菌Methanopyrusk and lerimlmndleri)的代谢网络为对象,从拓扑参数以及模块化两方面进行比较研究。结果表明:M.acetivorans与M.kandleri的代谢网络均具有较高的模块化结构。同时发现它们模块化后的代谢网络中的Hub模块均属于氨基酸代谢和碳水化合物代谢,表明这些网络模块均具有一定的功能意义。最后将Hub模块与最紧密的卜核心网络相比较,发现它们节点完全相同,此结果表明代谢网络的最紧密卜核心网络部分也是不同网络比较的重要因素。

英文摘要:

Recently, the study of complex networks is becoming a popular research field. Metabolic network is a typical example of complex networks. By comparing the topological parameters and modularization of metabolic network of mesophilic Methanosarcina acetivorans(M. acetivorans) and thermophilic Methanopyrus kandleri( M. kandleri), the results show that the metabolic networks of M. acetivorans and M. kandleri have a high modular structure. Meanwhile, hub modules of metabolic network after modularization are the amino acid metabolism and carbohydrate metabolism. It indicates that these network modules have functional significance. Finally, we find the Hub modules have the same nodes as the closest k-core sub networks by comparison. The results show that closest k-core sub networks are an important factor when comparing different metabolic networks.

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期刊信息
  • 《计算机与应用化学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院过程工程研究所
  • 主编:王基铭
  • 地址:北京中关村北二街1号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:jshx@home.ipe.ac.cn
  • 电话:010-62558482
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-4160
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3763/TP
  • 邮发代号:82-500
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院优秀期刊三等奖,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,1998年中国科技期刊影响因子工程类第二名,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:9060