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中国柑橘黄龙病病原菌两个原噬菌体超变异基因遗传多样性
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S436.66[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]西南大学植物保护学院,重庆400716, [2]中国农业科学院柑桔研究所,重庆400712
  • 相关基金:基金项目:国家公益性行业(农业)科研专项(201003067)、教育部创新团队(IRT0976)、重庆自然科学基金(cstc2012jjA80025)
中文摘要:

【目的】通过原噬菌体区域高度变异的基因位点研究柑橘黄龙病病原菌亚洲种(‘Candidatus Liberibacter asiaticus’)的种群分化,探讨病原菌种群遗传多样性水平和遗传结构。【方法】基于2种原噬菌体类型(SCl和SC2)对应的超变异基因区域设计2对弓】物(Lap—TF/Lap—T卜R1和Lap—TJ—F/Lap—TJ—R2),对中国不同柑橘产区的224个‘Ca.L.asiaticus’株系进行PCR检测和序列分析。【结果】PCR扩增的条带类型呈多态性,具有4种条带类型(SCI-I、SCI-2、SC2-I和SC2-2),西南地区以SCI-I型为主,广东、广西地区以SC2—1型为主,福建、江西、浙江地区没有明显优势的扩增型。分析SCI-1和SCI-2对应序列表明,其差异系由于132bp的卫星序列和24bp的小卫星序列2种串联重复序列数不同引起,而SC2-1和SC2-2的差异系由原噬菌体内部基因重排引起。【结论]中国不同地理来源病原菌株系在原噬菌体区域具有较丰富的多态性,对该基因区域研究将有助于揭示中国‘Ca.L.asiatiCU$’种群的遗传多样性。

英文摘要:

[Objective] Hypervariable genomic loci of prophage region were used to study population differentiation andgeneticdiversity ofCandidatusLiberibacterasiaticustheputativecasuaagentofcitrusHuanglongbing(HLB). [Method] Twoprimer sets (Lap-TJ-F/Lap-TJ-R1 and Lap-TJ-F/Lap-TJ-R2), targeted hypervariable genomic regions of two prophage types (SC1 and SC2), respectively, were used for PCR detection and sequence analysis of 224 'Ca. L. asiaticus' strains from different citrus producing areas in China. [Result] PCR amplicon polymorphisms and four arnplion types (SCI-1, SC1-2, SC2-1 and SC2-2) were observed, SCI-1 and SC2-1 were the predominant types in Southwestern region and Guangdong-Guangxi region, respectively, and no dominant types were found in Fujian-Jiangxi-Zhejiang region. The sequence differences in SCI-1/SC1-2 were mainly caused by different combinations of two kinds of tandem repeats with 132 bp satellite sequence and 32 bp mini-satellite sequence, respectively. The diversity in SC2-1/SC2-2 likely derived from prophage gene rearrangement. [Conclusion] Significant diversity in the prophage regions was investigated from 'Ca. L. asiaticus' strains collected from different geographical origins. Further studies on these genomic regions would be helpful for deciphering the genetic diversity of 'Ca. L. asiaticus' populations in China.

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620