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基于生物信息学的鸡PGC1-α基因5’调控区的序列结构分析
  • ISSN号:1004-874X
  • 期刊名称:《广东农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S831.2[农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]广东海洋大学农学院,广东湛江524088
  • 相关基金:基金项目:广东省大学生创新实验基金“鸡PGC1-α基因表达调控研究”;广东海洋大学大学生创新实验基金(1056610047);广东省高等教育学会实验室管理专业委员会基金(2010038);广东海洋大学实验研究项目(200908)
中文摘要:

利用BLAST ,Neural Network Promoter Prediction ,ORF Finder ,CpG Island Searcher和TF SEARCH等在线软件预测鸡的PGC1-α基因的5’调控区的启动子、开放阅读框、CpG岛及转录因子结合位点。结果显示,鸡与其他物种的PGC1-α核苷酸序列同源性很高,达84%以上;PGC1-α仅基因5’调控区序列上启动子可能位于1900bp处;评分在85分以上时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;有12个潜在的转录因子结合位点评分在95分以上;最大ORF位于1411~1617位核苷酸,共编码69个氨基酸;CpG岛为200bp区间(1900-2100bp)。

英文摘要:

The paper used on-line analysis software BLAST, Neural Network Promoter Prediction, TF SEARCH and so on, to predict promoter, open reading frame (ORF), CpG island and transcriptional factors binding sites on 5 'UTR sequence properties of PGCI-α in Chicken. The results showed that its homology with PGCI-α between chicken and other species was up to 84 %. The promoter regions might locate at 1 900 bp, and the CpG islands located between 1 900-2 100 bp, and there were 12 potential promoters in this region. By bioinformatics tool, 21 transcriptional factors binding sites were predicted with scores over 85 and 12 transcriptional factors binding sites were predicted when scores were higher than 95.

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期刊信息
  • 《广东农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广东省农业科学院
  • 主办单位:广东省农业科学院 华南农业大学
  • 主编:
  • 地址:广州市天河区金颖路31号五山广东省农科院农经所
  • 邮编:510640
  • 邮箱:gdnykx@vip.163.com
  • 电话:020-38319948 38319941 38319942 38319946
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-874X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1267/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 广东省第二、第三届优秀科技期刊,广东省首届十佳期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,第四届全国农业优秀期刊一等奖,第五届全车优秀农业期刊鑫犁奖一等奖,首届全国CAD规范一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:33995