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人细小病毒B19三种基因型通用核酸检测体系的建立与评价
  • ISSN号:1674-9960
  • 期刊名称:《军事医学》
  • 时间:0
  • 分类:R373[医药卫生—病原生物学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]军事医学科学院野战输血研究所、国家生物医学分析中心病毒安全检测实验室,北京100850, [2]陕西省血液中心,西安710061
  • 相关基金:北京市自然科学基金资助项目(7132144)
中文摘要:

目的 建立能同时检测人细小病毒B19(简称B19病毒)3种基因型的通用核酸检测(NAT)体系,并进行方法学评价。方法 对B19病毒3种基因型代表毒株全序列进行比对,选取其保守区域(NS1区)设计B19病毒的通用引物和探针。为避免假阴性结果,在体系中引入竞争性噬菌体内标。将适宜浓度的内标添加到一系列梯度稀释的参考品质粒中,建立B19病毒实时荧光定量PCR(q PCR)标准曲线。对建立的B19病毒通用NAT体系分别进行敏感性、特异性、重复性等方法学评价。结果 建立的B19病毒实时q PCR检测体系的标准曲线在1×109~1×10^3拷贝(copies)/μl模板浓度范围内相关性良好。方法学评价显示,体系的最低检测下限为10拷贝/μl;与其他血源传播病毒等无交叉反应;批内和批间实验重复性良好。结论 建立了B19病毒3种基因型全检的通用NAT体系,不仅可用于B19病毒感染的诊断,还可用于血液和血液制品中B19病毒的NAT筛查,对于保障输血和血液制品的病毒安全性具有重要意义。

英文摘要:

Objective To establish and evaluate a universal real-time fluorescent quantitative PCR(qPCR) method for identifying and quantifying three human parvovirus B19 (B19V) genotypes. Methods Firstly, following a bioinformatie analysis of a subset of B19V genomic sequences available in the NCBI nucleotide database, representative of genotypes 1 to 3, a set of suitable universal primers and TaqMan probes was designed from the NS1 gene of B19V. Aplasmid was used as a quantitative standard that contained the identical sequence of the B19 target sequence. An internal control (IC) was included to prevent false negative resuhs. Then, serial l-log dilutions of quantitative standards were prepared and used in the qPCR assays for generation of a standard curve. Finally, the specificity, sensitivity and reproducibility of the assay were assessed. Results A linear relationship of the real-time PCR method for detecting B19V from 1 × 10^9copies/μl to 1 × 10^3 copies/μl was observed. The developed qPCR protocols allowed for the detection of genotypes 1 to 3 with a limit of detection (LOD) of 10 copies/μl. Furthermore, the assay did not amplify other blood-borne viruses. The inter-and intra-assay variability analyses showed good reproducibility of the assay. Conclusion A universal real-time qPCR method for the detection of B19V DNA is established, which will facilitate the diagnosis of B19V infections and the screening of blood and plasma-derived products, thereby improving the viral safety of transfusion and plasma-derived products.

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期刊信息
  • 《军事医学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:军事医学科学院
  • 主办单位:军事医学科学院
  • 主编:吴祖泽
  • 地址:北京市太平路27号
  • 邮编:100850
  • 邮箱:yuankan@bmi.ac.cn
  • 电话:010-66931131
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-9960
  • 国内统一刊号:ISSN:11-5950/R
  • 邮发代号:82-757
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:2231