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人Sox10基因启动子区高甲基化的预测和验证
  • ISSN号:1000-5404
  • 期刊名称:《第三军医大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:R394-33[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学] R394.3[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]第三军医大学基础医学部组织学与胚胎学教研室重庆市神经科学研究所,重庆400038, [2]泸州医学院基础医学院组织学与胚胎学教研室,四川646000, [3]自贡市第三人民医院病理科,四川643020
  • 相关基金:国家自然科学基金(31100771);重庆市自然科学基金(2011jjA10029)
中文摘要:

目的运用生物信息学方法预测人Sox10基因启动子区甲基化情况并进行实验验证。方法从GenBank获取人Sox10 基因序列,利用 Methyprimer 11.0 软件、Li lab、CpG Island Searcher预测其启动子区CpG岛。进一步运用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR, MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR, BSP)方法检测人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中的甲基化情况。结果经过生物信息学分析发现,人Sox10基因启动子区存在2个CpG岛,分别为165 (1 241~1 405) bp和105 (1 478~1 582) bp。针对这两个CpG岛设计引物行MSP和BSP实验,研究发现,在人多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中Sox10基因启动子区CpG岛均出现部分甲基化,其中在多形性胶质母细胞瘤中的甲基化率为90.5%,在瘤周组织中的甲基化率为28.5%。结论本研究证实了人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤中出现高甲基化,提示其表达下调可能受甲基化调节。

英文摘要:

Objective To investigate the methylation of human Sox10 gene promoter by bioinformatics and exprimental vertification. Methods Human Sox10 gene sequence was obtained from GenBank. CpG island methylation in human Sox10 gene promoter was predicted by Methyprimer software 11.0, Li lab and CpG Island Searcher. Then CpG island methylation status of Sox10 gene promoter was detected in glioblastoma multiforme and adjacent noncancerous tissues by methylation specific PCR (MSP) and bisulfite sequencing PCR (BSP). Results Two CpG islands, 165 bp (1 241-1 405) and 105 bp (1 478-1 582), were found in human Sox10 gene promoter according to bioinformatics analysis. CpG islands of human Sox10 gene promoter were partially methylated in the adjacent noncancerous tissues and glioblastoma multiforme, indicated by MSP results. BSP results showed that the percentage of methylation was 90.5% in glioblastoma multiform and 28.5% in the adjacent noncancerous tissues. Conclusion CpG islands of human Sox10 gene promoter are hypermethylated in glioblastoma multiforme. The down-regulation of human Sox10 gene might be mediated by the methylation as compared with adjacent noncancerous tissues.

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期刊信息
  • 《第三军医大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:第三军医大学
  • 主办单位:第三军医大学
  • 主编:钱桂生
  • 地址:重庆市沙坪坝区高滩岩30号第三军医大学学报编辑部
  • 邮编:400038
  • 邮箱:aammt@mail.tmmu.com.cn
  • 电话:023- 68752187
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5404
  • 国内统一刊号:ISSN:50-1126/R
  • 邮发代号:78-91
  • 获奖情况:
  • 先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技...,2003年、2005年两度被评为"国家期刊奖百种重点科...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:47530