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铁皮石斛实时定量PCR内参基因的筛选
  • ISSN号:1001-2494
  • 期刊名称:《中国药学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R931[医药卫生—生药学;医药卫生—药学]
  • 作者机构:[1]中国医学科学院-北京协和医学院药用植物研究所,北京100193, [2]陕西中医学院药学院,陕西省中药基础与新药研究重点实验室,西安712046
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基会资助项目(31070300.31101608);陕西省青年科技新星计划项目(2012KJXX-44)
中文摘要:

目的筛选铁皮石斛(Dendrobium officinale)实时定量PCR(real time quantitativePCR,qPCR)最佳内参基因。方法采用同源克隆法、RT—PCR分离候选内参基因;qPCR分析基因的引物扩增效率及相对表达量;geNorm分析内参基因的表达稳定性;qPCR检测法呢基焦磷酸合酶(famesyl pyrophosphate synthase,FPS)基因的表达模式。结果分离到铁皮石斛ACT-1、ACT-2、EF-10I、GAPDH、-TUB、18SrRNA、26SrRNA等7个候选内参基因片段,引物扩增效率分别为2.12、1.98、2.03、2.08、1.97、2.18和2.05;geNorm分析表达稳定性大小为EF-1α/18SrRNA〉ACT-1〉ACT-2〉GAPDH〉β-TUB〉26SrRNA;以EF-1α/18SrRNA为标准分析F尸5基因的相对表达量大小为种子〉根〉原球茎〉茎〉叶。结论确定珍稀濒危兰科药用铁皮石斛qPCR分析的最佳内参基因,为基因表达研究提供依据。

英文摘要:

OBJECTIVE To select reference gene for real time quantitative PCR (qPCR) analysis of Dendrobium officinale. METHODS Homology cloning and RT-PCR techniques were used to isolate candidate reference genes, qPCR analyses were em- ployed to determine the primer amplification efficiency for each gene, along with their relative quantities. The expression stability of each reference gene was analyzed by geNorm software, followed by validation of the expression pattern of the faruesyl pyrophosphate synthase gene(FPS) using qPCR. RESULTS A total of seven candidate reference genes' fragments including ACT-1, ACT-2, EF- 1α, GAPDH, β-TUB, 18S rRNA, and 26S rRNA, were identified from D. officinale. Their primer efficiencies were 2. 12, 1.98, 2. 03, 2. 08, 1.97, 2. 18, and 2. 05, respectively. The expression stability calculated by geNorm analysis was ranked as follows: EF- 1α/18S rRNA 〉 ACT-1 〉 ACT-2 〉 GAPDH 〉β-TUB 〉 26S rRNA. The transcriptional level of FPS gene normalized by EF-1α/ 18S rRNA was in the order of seed 〉 root 〉 PLB 〉 stem 〉 leaf. CONCLUSION The most stable reference gene for qPCR analysis was characterized in the endangered orchid D. officinale, which will be useful for further gene expression study.

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期刊信息
  • 《中国药学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国药学会
  • 主编:桑国卫
  • 地址:北京市朝阳区建外大街四号建外SOHO九号楼18层
  • 邮编:100022
  • 邮箱:zgyxzz@cpa.org.cn
  • 电话:010-58698009
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-2494
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2162/R
  • 邮发代号:2-232
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第一、二届全国优秀科技期刊一等奖,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国国际药学文摘,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:54982