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基因组信息指导的星海链霉菌中2-甲硫基-N^6-(4-羟基异戊烯基)-腺苷的分离鉴定
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:《微生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:TQ618.97[化学工程—精细化工]
  • 作者机构:[1]上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室、教育部代谢与发育科学国际合作联合实验室,上海200240, [2]大连理工大学生命科学技术学院,辽宁大连116024
  • 相关基金:国家自然科学基金(31425001)
中文摘要:

【目的】研究海洋链霉菌新种星海链霉菌Streptomyces xinghaiensis NRRL B24674~T次级代谢物中是否存在2-甲硫基-N~6-异戊烯基修饰的腺苷。【方法】通过生物信息学分析星海链霉菌S.xinghaiensis NRRL B24674~T基因组序列,寻找这类化合物的生物合成相关基因;采用正相硅胶柱色谱、反相硅胶柱色谱、凝胶柱色谱和高效液相色谱等分离技术对该菌株的发酵粗提物进行分离纯化;利用质谱与核磁共振等波谱技术鉴定化合物的结构。【结果】在星海链霉菌基因组中找到含有2-甲硫基-N~6-异戊烯基修饰的化合物生物合成途径中的2个同源蛋白;从该菌的发酵液中分离鉴定了2-甲硫基-N~6-(4-羟基异戊烯基)-腺苷(ms2io6A)。【结论】星海链霉菌S.xinghaiensis NRRL B24674~T存在此类腺苷修饰反应,并且是首次在链霉菌中发现此类腺苷修饰。生物信息学分析预示着链霉菌中可能普遍存在此类核酸或者核苷修饰。

英文摘要:

[Objective] To investigate the production of adenosine modified with N~6-(Δ2-isopentenyl) and 2-thiomethyl groups from marine-derived Streptomyces xinghaiensis NRRL B24674~T. [Methods] Bioinformatics analysis was carried out to search the genome sequence of S. xinghaiensis NRRL B24674~T and the secondary metabolites were purified by silica gel column chromatography, gel chromatography and high-performance liquid chromatography, and the chemical structure was elucidated by nuclear magnetic resonance(NMR) and mass spectroscopy(MS). [Results]Two proteins involved in such a biosynthetic pathway were found in the genome of S. xinghaiensis NRRL B24674~T;2-methylthio-N~6-(4-hydroxyisopentenyl)-adenosine has been purified from the liquid culture of S. xinghaiensis NRRL B24674~T, and its chemical structure was elucidated by analysis of high-resolution mass spectrometry(HR-MS) and NMR data. [Conclusion] Such an adenine modification process was present in S. xinghaiensis NRRL B24674~T, and it is the first time to report this kind of adenine modification from actinomycetes Streptomyces. Bioinformatics analysis implies that Streptomyces can also have this kind of RNA or adenine modification.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807516
  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879