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溶藻弧菌耐药基因qnr的克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1004-311X
  • 期刊名称:《生物技术》
  • 时间:0
  • 分类:Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]广东海洋大学水产学院,广东湛江524088, [2]广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室,广东湛江524088, [3]仲恺农业工程学院,广东广州510225
  • 相关基金:农业部行业专项(“渔药使用风险评估及其控制技术研究与示范”,No.201203085);广东省教育厅高等学校高层次人才项目(“谷胱甘肽及其合成酶系在哈氏孤茵耐药中的作用机制研究”)资助
中文摘要:

[目的]克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)喹诺酮类耐药基因qnr并分析其蛋白结构,为研究该蛋白的生物学功能奠定基础。[方法]根据NCBI上公布的相关序列设计qnr基因特异性引物,利用PCR方法扩增基因序列,进行DNA测序及生物信息学分析。[结果]从溶藻弧菌染色体上获得qnr基因大小为651bp,编码216个氨基酸,进化分析可知其与副溶血弧菌有很近的亲缘关系,二级结构分析含有五肽重复序列,三维结构与大肠杆菌质粒上的qnr蛋白空间结构极为相似。[结论]通过对蛋白质序列分析和结构预测,初步确定该基因为喹诺酮耐药基因,为水产细菌的耐药机制研究奠定基础。

英文摘要:

[ Objective ] Quinolone resistance gene of Vibrio alginolyticus was cloned and the structure of the protein was predic- ted. It will provide the foundation for further study of the function of qnr. [ Methods] The quinolone resistance gene (qnr) was amplified by PCR and then was analyzed by bioinformatics methods after DNA sequencing. [ Results ] The sequencing analysis of qnr gene fragment showed that it was 651 bp, encoding a protein of 216 amino acids which had high homology with that of Vibrio parahaemolyticus. The secondary structure contained pentapeptide repeats, and three - dimensional structure of the pro- tein was very similar to qnr gene of plasmid in E. coll. [ Conclusion] By sequences analysis and structure predictions of qnr pro- tein,the gene was initially identified as a quinolone resistance gene, and laid the foundation for aquatic bacterial resistance mechanisms.

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期刊信息
  • 《生物技术》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:黑龙江省科学院
  • 主办单位:黑龙江省科学院微生物研究所 黑龙江省微生物学会 黑龙江省生物工程学会
  • 主编:张介驰
  • 地址:哈尔滨市道里区兆麟街68号
  • 邮编:150010
  • 邮箱:swjszz@163.com
  • 电话:0451-84615121
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-311X
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1319/Q
  • 邮发代号:14-225
  • 获奖情况:
  • 中国生物学核心期刊,中国核心期刊(遴选)数据库...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:13503