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新疆野苹果SSR-PCR反应体系的优化
  • ISSN号:1004-874X
  • 期刊名称:《广东农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]山东农业大学园艺科学与工程学院,作物生物学国家重点实验室,山东泰安271018, [2]河南科技学院园艺园林学院,河南新乡453003
  • 相关基金:国家自然科学基金(30871679);国家“863”计划(2006AA100108);山东省农业良种工程项目
中文摘要:

以4个新疆野苹果株系为试材,利用CTAB法提取DNA,对影响SSR—PCR扩增结果的主要因子设计了多梯度的优化试验。结果表明:新疆野苹果SSR-PCR反应体系(25μL)中含ToqDNA聚合酶0-5U、模板DNA5.0ng、dNTPs0.2mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+1.0mmol/L、退火温度为60%时效果最佳。最佳扩增程序为:94℃预变性2min,94℃变性30s,65℃退火1min,72~C~伸lmin,4个循环;94cc变性30s,6d℃退火1min,72℃延伸1min,30个循环;72%延伸5min,4℃保存。利用此反应体系对30份新疆野苹果进行SSR-PCR扩增和电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,表明该体系适用于新疆野苹果的基因连锁图谱构建和QTL定位。

英文摘要:

DNA of four Malus sieversii accessions were distilled by CTAB.An optimal experimental design was employed to evaluate five factors (template DNA,Mg2+,dNTPs, Taq DNA polymerase and primer) at five different concentrations.The results indicated that the optimal SSR-PCR reaction system of terminal volume 25 ILL consisted of 0.5 U Taq DNA polymerase,0.2 txmol/L primers,5 ng template DNA,0.2 retool/ L dNTP and 1.0 mmol/L Mg2~.The suitable amplification temperature profiles were as following:2 vain at 9422 for pre-denaturing, followed by 4 cycles of 30 s at 9422 for denaturing,1 rain at 6522 for anncaling,1 rain at 7222 for extending,then followed by 30 cycles of 30 s at 9422 for denaturing,1 min at 6022 for annealing,1 min at 7222 for extending, and finally kept the reaction mixture at 422 after a final extension step of 7222 for 5 min.Using the above optimal SSR-PCR reaction system,SSR fragments of 30 Malus sieversii accessions were obtained.The clear and abundant polymorphism indicated this reaction system was suitable for construction gene linkage map and QTL mapping.

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期刊信息
  • 《广东农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广东省农业科学院
  • 主办单位:广东省农业科学院 华南农业大学
  • 主编:
  • 地址:广州市天河区金颖路31号五山广东省农科院农经所
  • 邮编:510640
  • 邮箱:gdnykx@vip.163.com
  • 电话:020-38319948 38319941 38319942 38319946
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-874X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1267/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 广东省第二、第三届优秀科技期刊,广东省首届十佳期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,第四届全国农业优秀期刊一等奖,第五届全车优秀农业期刊鑫犁奖一等奖,首届全国CAD规范一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:33995