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基于图元向量的差异共表达分析研究
  • ISSN号:0372-2112
  • 期刊名称:《电子学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q-332[生物学]
  • 作者机构:温州大学物理与电子信息工程学院,温州浙江325035
  • 相关基金:国家自然科学基金(N0.61572367,No.61272018);浙江省自然科学基金(No.R1110261);浙江省新苗人才计划(No.2012R424051)
中文摘要:

差异分析对于揭示生命体的生长、发育和衰老过程及疾病发生具有重大的意义,基于网络的差异分析方法已经成为系统生物学的一个研究热点.Przulj 提出的图元及图元向量作为一描述网络局部结构信息的方法,已经在网络分析方法面取得了很多重要的结果.本文在图元向量的基础上提出了二种节点变化的差距度量方法,通过聚类可以分别挖掘网络中模块内变化基因簇和模块间变化基因簇.应用 AGEMAP 数据库中12个小鼠组织基因表达数据的结果表明:大部分聚类簇都高度显著富集与衰老相关的 GO 条目.

英文摘要:

Differential analysis is a major method to understand the process of biological evolution and the progress of dis-eases.Recently,differential analysis based on graph has been a hot area in system biology.Since Przulj proposed the conception of graphlet and graphlet orbits,both of them have been used in various network analyses.In this paper,we proposed two measures based on graphlet orbits,and we used them to mine within module differential co-expresssion clusters and module to module differ-ential co-expression clusters.Applications on the data of mice for 16 months and 24 months have shown that most of the clusters are significant enrichment in some GO terms related with aging.

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期刊信息
  • 《电子学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国电子学会
  • 主编:郝跃
  • 地址:北京165信箱
  • 邮编:100036
  • 邮箱:new@ejournal.org.cn
  • 电话:010-68279116 68285082
  • 国际标准刊号:ISSN:0372-2112
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2087/TN
  • 邮发代号:2-891
  • 获奖情况:
  • 2000年获国家期刊奖,2000年获国家自然科学基金志项基金支持,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:57611