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文冠果富集SSR文库的构建及特性分析
  • ISSN号:1000-2340
  • 期刊名称:《河南农业大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q949.9[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]河南农业大学植物保护学院,河南郑州450002
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31170351);河南省教育厅自然科学基金项目(2008A180012)
中文摘要:

应用Dynal磁珠一生物素标记的微卫星探针(AC)8,(AG)8和(ATG)12与文冠果基因组DNA酶切片段杂交,捕获含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体上,转入感受态细胞Trans5ct,构建文冠果富集微卫星文库.利用M13F和M13R载体序列引物筛选文库,对插入片段长度为400~1500bp的克隆进行测序.共获得123条序列,55条(44.7%)舍有微卫星位点,其中完美型占63.7%,非完美型22.4%,混合型10.3%.微卫星重复基元中,二核苷酸(AC)n最为常见.

英文摘要:

The DNA fractions containing microsatellite sequences were captured by hybridizating the digested Xanthoceras sorbifolia genomic DNA fragments with the oligonucleotide probes (AC) s, (AG) s and (ATG)12 attached to striptavadin coated magnetic beads (Dynal). The enriched DNA fragments were ligated into pMD18-T easy vector and then transformed into competent TransSα cell to form an en- riched microsatellite sequence library. PCR screening using MI3 Forward and M13 Reverse as primers identified 123 clones containing 400 to 1 500 bp inserts. Sequence analysis of these positive clones confirmed 55 microsateUite sequences, with an enrichment efficiency of 44.7%. Of these microsatel- lite loci, 63.7% were perfect repeat motif, 22.4% imperfect and 10.3 compound repeat motifs. A- mong them, (AC), was the most common motif.

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期刊信息
  • 《河南农业大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河南农业大学
  • 主办单位:河南农业大学
  • 主编:张改平
  • 地址:郑州市文化路95号
  • 邮编:450002
  • 邮箱:hnndxb@henau.edu.cn
  • 电话:0371-63558885
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2340
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1112/S
  • 邮发代号:36-132
  • 获奖情况:
  • 全国农林类核心期刊,全国优秀科技期刊,河南省优秀科技期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:14872