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用CODEHOP设计简并引物克隆杜氏盐藻hog1基因片段
  • ISSN号:0490-6756
  • 期刊名称:《四川大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q781[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064
  • 相关基金:国家自然科学基金(30870498); 省青年基金(08ZQ026080); 教育部博士点新教师基金(20070610177)
中文摘要:

根据NCBI上已经报道的hog1序列,利用简并引物在线设计工具CODEHOP设计出两对简并引物,通过巢式PCR扩增,得到一段大小为635 bp的基因片段,将其克隆到T载体上并测序,将测得的序列在NCBI的Blast搜索发现,其与已报道的其他一些物种的hog1基因有同源性.用CODEHOP程序化设计简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆为研究杜氏盐藻的HOG信号途径奠定了基础.

英文摘要:

According to the published sequence of hog1 from NCBI database, we designed the degenerate primers of hog1 using CODEHOP software. Using these degenerate primers, a partial hog1 cDNA of 635bp was amplified from Dunalilla salina and cloned into T vector. Sequence analysis showed that the cloned hog1 shares high sequence identity to those of hog1 from other species. The results indicated that the degenerate primers designed by the CODEHOP could be used to amplify specific gene fragment. Cloning of hog1 gene fragment would be helpful to further characterize the HOG signaling pathway of Dunalilla salina.

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期刊信息
  • 《四川大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:四川大学
  • 主编:刘应明
  • 地址:成都九眼桥望江路29号
  • 邮编:610064
  • 邮箱:
  • 电话:028-85410393 85412393
  • 国际标准刊号:ISSN:0490-6756
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1595/N
  • 邮发代号:62-127
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,四川省十佳科技期刊,教育部全国高校优秀学报二等奖(1995,1999),四川省科技优秀期刊一等奖(1996,2000)
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10542