海洋数据具有多源、多类、多维、海量等特点,是一种典型的大数据,海洋大数据上的快速查询是该领域各类应用的基本需求.提高查询速度的关键是建立一个完善的索引结构,为此提出了一种基于时间间隔B+-tree和HSP-tree的多层索引架构ML-index(multi-layer index),分别制定样本驱动的数据融合机制(adaptive method of data merging strategy)以确定分布式时态数据分区;并基于海洋数据特性、数据单元饱和度等,提出了一种自适应空间划分方法(adaptive space partition),在此基础上建立HSP-tree作为辅助索引.实验验证在海洋数据模式下,提出的多层索引结构保证了海洋数据的查询速度,逼近线性的时间复杂度.