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人和小鼠长非编码RNA基因的特征分析
  • ISSN号:1003-3254
  • 期刊名称:《计算机系统应用》
  • 时间:0
  • 分类:Q81[生物学—生物工程] TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]扬州大学信息工程学院,江苏扬州225127, [2]扬州大学兽医学院,江苏扬州225009
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(61301220)
中文摘要:

长非编码RNA(lncRNA)与蛋白质编码基因在转录过程中具有相似性,仅通过测序方法难以有效识别.针对这一问题,以高可靠性的GENCODE基因注释数据为基础,通过生物信息学方法在全基因组范围对人和小鼠这2种哺乳动物的lncRNA基因和蛋白质编码基因的特征进行分析研究.结果表明,相对于蛋白质编码基因,lncRNA在基因结构、序列构成、编码蛋白质能力、保守性等方面具有显著特征,这为其准确识别提供了信息.

英文摘要:

Long non-coding RNA(lncRNA)and protein-coding genes have several similarities during transcription,which makes it difficult to identify the lncRNAs efficiently just using sequencing methods.Focus on this problem,based on the high-confident GENCODE gene annotation data,the lncRNA and protein-coding genes of human and mouse on the genome scale were analyzed using bioinformatic methods.Experiment results show that lncRNAs represent significant characteristics in several aspects including gene structure,sequence composition,protein-coding potential and conservation,which provided information for predicting the lncRNAs accurately.

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期刊信息
  • 《计算机系统应用》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院软件研究所
  • 主编:苏振泽
  • 地址:北京8718信箱
  • 邮编:100190
  • 邮箱:csa@iscas.ac.cn
  • 电话:010-62661041
  • 国际标准刊号:ISSN:1003-3254
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2854/TP
  • 邮发代号:82-558
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:15201